议，选举临时副总统，即于三日上午十时开选举临时副总统大会。我公当选。除通告全国外，并由本会特派员赍各省代表签名书敬呈钧鉴！兼表欢迎。”南京临时政府也致电黎元洪：“今日参议院选举副总统，经全数投票，举我公充任，共庆得人，谨为中华民国前途贺。”
辛亥年十一月十三日于是成为中华民国元年1月1日。孙中山先生就在这天率领汤、王两代表和美籍顾问荷马李于下午5时专车抵达南京，下榻于宝华盦。提起这个宝华盦倒是一个有名的地方，它是清朝两江总督招待外宾的宾馆，后来变成了西箭道参谋本部。
孙中山先生抵京后，有人问孙先生说：“您这次回国，带来了多少饷？多少枪炮？”孙先生笑着回答说：“我空着两手回来，可是我带回来国人最需要的东西，就是革命精神。”
民国元年元旦（以下本文全改用阳历）晚10时，孙中山先生就任临时大总统，宣告中华民国成立。临时大总统誓词曰：
倾覆满洲专制政府，巩固中华民国，图谋民生幸福。此国民之公意，文实遵之，以忠于国。为众服务。至专制政府既倒，国内无变乱，民国卓立于世界，为列邦公认，斯时文当解临时大总统之职，谨以此誓于国民。
临时大总统提出内阁名单，仿照美国政府制，不设总理，分作九部，由总统提出各部总长、次长名单如下：
陆军部总长兼参谋总长：黄兴，次长：蒋作宾
海军部总长：黄钟瑛，次长：汤芗铭
司法部总长：伍廷芳，次长：吕志伊
财政部总长：陈锦涛，次长：王鸿猷
外交部总长：王宠惠，次长：魏宸组
内务部总长：程德全，次长：居正
教育部总长：蔡元培，次长：景耀月
实业部总长：张謇，次长：马君武
交通部总长：汤寿潜，次长：于右任
总统府秘书长：胡汉民
代表会对国务员名单亦小有修改，原来孙大总统是提名宋教仁长内政，章炳麟长教育，未获通过。
中华民国临时政府组成，名单公布，各部总长中仅陆军、外交、教育三部是同盟会会员，其余各部总长都是立宪派人士中同情革命者。不过次长几乎全是同志。政府虽告成立，实业部总长张謇、交通部总长汤寿潜均住上海，内务部总长程德全则卧病租界，财政部总长陈锦涛则在上海洽商借款，司法部总长伍廷芳更因在上海主持和议，不克返宁，所以这时的南京政府，实际负责的总长也只是三位革命党人，就是陆军部总长黄兴、外交部总长王宠惠、教育部总长蔡元培。其余五部部务均由次长代理。
临时政府经参议院通过后，孙大总统于1月5日举行各部委任礼，各部成立的日期则有参差。特列如下：
机关名称
成立日期
地点
陆军部
1月9日
督练公所
海军部
1月17日
水师学堂
外交部
1月11日
原设总统府内，3月2日迁鼓楼前狮子桥
司法部
1月12日
甲家巷
财政部
1月17日
旧藩署
内务部
1月17日
江南政务厅
教育部
1月19日
交涉署（碑亭巷外务司）
实业部
1月23日
劝业道署
交通部
1月23日
粮道署
法制局
1月15日
中协署（今肥侯府）
南京卫戍总督府
1月14日
本来武昌方面和上海方面的革命同志意见就不太协和，事情肇因由于黄兴，黄兴自己已经竭力希望弥补这个裂痕，可是天下事往往是有了裂痕，只会扩大，很难弥缝。南京组府时，推举黎元洪为副总统，也是黄兴的建议，其目的即在调和武汉，不过武昌首义的志士甚多，仅让黎元洪一个人做副总统，在武昌方面看来是不公平的。当时黎元洪下面的革命同志中，最重要的有一位孙武，他对策划起义，贡献很大，起义前一天，孙武试验炸弹，不幸爆发被炸受伤，举义后孙武是军务部长，南京临时政府成立前，孙武由武昌到了上海，因为他和黎元洪接近，所以对黄兴很不好，由于和黄不睦，言谈之间，自然对上海方面的革命同志也不好。陈其美对孙武的印象便非常不佳。临时政府筹组时，孙武希望做陆军部次长，可是陆军部总长是黄兴，黄既然不欢喜孙武，自不会拉他做次长。于是孙武便被摈弃，就因此使得武汉和宁沪之间更形貌合神离。
当临时政府的人事尚在磋商时，有一天，于右任去找黄兴，恰巧这天胡汉民、宋教仁都在黄处，黄见到这位西北革命领袖、《民立报》的主持人，便笑着说：“你来得正好，我们正在谈组织政府的人选，你有什么意见？我们大家不妨交换一下。”于表示有一件事必须注意，就是在政府人选中，应该多容纳武昌首义的革命同志。不幸于的意见并未被黄完全采纳。当时孙中山先生甫由国外返国，对于组府人事黄兴意见最被尊重，黄认为已经公举黎为副总统，武昌方面应该满意了，所以各部次长多由海外归国同志出任。至于章炳麟（太炎），原本是提名他为教育部长，未被各省代表会同意，遂告落空。章是个学问家，但个性很怪，他参加革命一心想做一个国师，想像戏台上的诸葛亮或是刘伯温，不料南京临时政府组成后竟没有他的份儿，遂