后，因为他是袁身边重要的帮手，所以不能长期放在外面，袁对湖北人事安排，本预定给他的干殿下段芝贵的，因为调黎入京很难，才让段祺瑞出马，现在黎已入京，又已辞职。所以3年2月1日仍调段祺瑞回北京复任陆军总长，派段芝贵为湖北都督。段祺瑞在湖北虽只两个多月，他的任务是清除黎在湖北的势力，因此他大刀阔斧地把湖北军遣散，把北洋军调入湖北，从此湖北便完全成为北洋军的统治地区。

　　当段返回北京和黎相见时，他不像袁对黎那么虚伪，他脸孔上流露出一种倨傲之色。段的等级观念很深，他觉得自己在清末曾做到护理湖广总督。当时黎不过是湖北一个协统，至于辛亥革命，黎只是从床下面拉出来顶名字的，谈革命功勋也是假得很；如今则已是袁的政治俘虏。因此他根本不把黎放在眼里。黎段之间这段关系注定了日后的许多纠纷。

　　黎在北京，实在不愿意以安乐公自居，很想借一个题目离开北京，以便恢复自由生活，曾经一再表示，愿以“答谢各国承认民国专使”名义周游列国，袁怕他一去不复返，就用拖延手段来搪塞，不做肯定的答复。黎既然行不得，也只好在北京瀛台做他的副总统兼参谋总长，实际上参谋总长工作则是由次长陈宧代行拆。

　　黎在北京初期的生活，简直就是幽居，外间鲜有知者。民国3年1月，北京一位名记者黄远庸曾写过一篇访问记，对黎当时的生活有细致的描绘。特抄录如下：

　　黎副总统到京时，适记者南行，今记者既到京，则吾曹新闻记者对此德望并隆中外钦仰之伟人，不能不表示一番敬意。因以国会议员湖北某君之介绍，偕某某两君约见，黎公快然允许，约以初十日午前十一时许往谒，并约予以赐食之光荣。以吾曹藐然与公无素，而阔达优礼如此，足见公之平民主义也。

　　是早某君约予等同往新华门，入总统府，以先有约，故司阍处（即由大总统之司阍处传达）即命余乘冰船赴副总统所居之瀛台，不须更入门外之招待室候命矣。

　　海子中之积冰，已层叠深固，故向日之以舟行者，今以冰船行矣。船形如轿，最多可容六人，船夫着毛革之鞋行于冰上，从后推转，故极迅疾，瞬息已抵瀛台矣。

　　入门则兵卫三五而立，稍进即有与此介绍某君操鄂音道寒暄者。余前此闻黎公在鄂时，守卫已尽易北方军官，足知不尽确。余等所入之客房，榜曰副总统办公处，即前之景星殿。此处一为秘书室，一为副官处，其对过即庆云殿，则饰以洋式陈设，右为应接之洋室，左为大餐间，即副总统赐余等以午餐之处也。

　　秘书室伏几而办事者有二三人，皆朴素无华。副官长为少将唐君在寅，则竹布之衣，谦光可挹。唐君盖始终随侍副总统，在鄂时固不常出门，到京后绝对未出大门一步者也。

　　副总统之眷属及厨役乃至马车御者，皆已偕来，惟其左右之领有徽志得以随时出入总统府者只六人。余辈出入，皆须随时传达或许可，足见黎公约束之严矣。

　　庆云殿中陈设稍新，景星殿则普通木器数事，足供起坐而已。其中间为副总统每日会客之厅，余所见二殿中前清南书房供奉之墨迹依然陈列，皆光绪时全忠恒勋徐会沣所书，长额大字皆录《诗经》、《书经》中成语之关系为君之要道者，字尤板滞无味。某君谓做皇帝最苦，连行书都看不见，可谓确切。余意今日何复更须此等物事，宜并置之高阁而稍易以美术的陈设也。

　　殿外置有轿子一顶，盖即清制所谓二人肩舆者，凡副总统往谒大总统或大总统来访副总统，均坐此等制度之轿。实则二公所居相距至多不过二百步矣。

　　余等在殿中候命，而是日适值段芝贵自南返京，即日来谒总统及副总统，坐谈极久，候段氏出，则更会客二班，毕后已十二时，故副总统不于常座见余等，即命余等在庆云殿中之应接室接见。入殿后副总统即入，余等行严肃之一鞠躬礼后，依次入座，副总统略询数语，即命入对过之大餐间会食矣。副总统之丰采，读吾通信者，想已面接或已见其写实，固不烦余之叙述。余一言足慰读者，则公之丰采健硕，绝无风尘之色，而一种严肃和蔼之气，自是令余等生畏悦之容者也。

　　餐座中并副总统共五人，二客系鄂人，中有一客乃从湖北新来者，余与某君则非鄂人。余首问副总统前此何时曾来京？公答尚系光绪三十四年。余问亦常住过北京否？公答首尾不到一个月。故公之语言，乃纯然湖北口音也。

　　座中所谈，以湖北事为多，公询自湖北新来之某君以都督府近状，以军队近情，而尤以个人消息为多。凡称其人，必称其号，不称其名，并荷关念其人有无饭吃。余以知公之深于情也。

　　公语及裁兵退伍事，云我们总要给人家一条路走，故我前此于所裁之人予以退伍金，自二千元不等，以其有此款，或耕田，或做小买卖，不致他变也。

　　公又语及某事，有一名言，谓总不可以激烈对待暴乱。他们本来暴乱，若以激烈（意同操切）待之，则必闹出事来。余证之公起义后在湖北之行事，此寥寥数语，盖足以尽其精神也。至其所语何事，则吾辈秉新闻记者之德义，当然不能泄露也。座客询及章太炎近状，请公设法保全者，公答必可无事，因大总统亦雅意保全之也。惟彼前日来府，穿大毛衣，执一羽扇，挂起勋章，见人就