，各省军政长官及师旅长入京谒袁后，一定专程谒梁。有一天袁对梁说：“你的地位，将来更重要，现在入觐的师旅长，不可轻予颜色。”当《约法》正在交议时，袁对梁表示欲扩张总统府以罗致人才。梁却主张暂勿变更内阁制，倘欲扩充府制，不如将府秘书厅扩大，以容纳人才。袁欲改总理为国务卿，梁大反对，袁目不转瞬瞪视梁，梁这时才警觉到自己为袁所疑忌了。

　　徐世昌出任国务卿后，梁士诒的政敌杨士琦得势，梁乃离开了总统府，声势自然是减低了不少，民国4年6月间，又发生了交通大参案，对梁更是严重打击，这个交通大参案，是当年北京政府一件耸人听闻的政治案件，参案是自津浦铁路开始的。由前任津浦路北段总办、现任肃政史孟玉双和津浦路总稽核金恭寿定参案草稿，由肃政史王瑚、蔡宝善至津浦路密查，列出十大罪状，由都肃政史领参，7月18日国务卿徐世昌遂面奉袁大总统口谕：

　　据肃政史庄蕴宽等呈称：“铁路为营业性质，如浦津一路，全系借款，倘我不刷新整顿，有债权者必有异言”等语。当经转交王瑚、蔡宝善将种种情弊，切实访明，呈请核办。兹据该肃政史等调查事毕呈具报告书前来，罗列十款，俱系重大弊端，除饬交通部将该路局长赵庆华立予撤差，传解就质外，应交平政院依法审理，并将案内重要人证，分别传提，毋得瞻循！

　　这是第一炮，可是对梁士诒并不是重要打击，到7月20日，袁又申令停梁的左右手叶恭绰的交通次长职务，这才是重要的开始，袁的命令是：

　　据平政院长周树模呈称：津浦铁路局长赵庆华舞弊营私一案，交通部次长叶恭绰最有关系，请谕令暂行停职候传等语。叶恭绰着暂行停职。

　　叶恭绰是交通系的第二号人物，是梁士诒的化身，梁不做交通总长而身为交通系领袖，叶恭绰担任交通次长是实际的交通系灵魂，如今打击梁系的人竟说动了袁向叶恭绰开刀，其幕后力量之大当可想见。然而事态并不因叶恭绰的停职候传而结束，反之却正在扩大，兼涉及京汉、京绥、沪宁、正太各铁路。交通部以部令令京汉铁路局局长关赓麟、京绥铁路局长关冕钧离职听审。这样一来当然变成了交通界一件轰动事件，而大家都明白，这是袁所同意的，对梁士诒的交通系一个大打击。

　　交通大参案发生后，袁曾对梁说：“参案原来有你在内，我叫他们除去你部分。”这番话似乎表示袁对梁还是很好，可是参案而先由总统见到其稿，显然内中大有毛病。参案发生后，梁士诒乃请病假，小憩翠微山。

　　交通大参案前后查办历时五个月，最后叶恭绰仍得明令复职。

　　梁士诒组织全国请愿联合会就在交通大参案期间，这可能是一种政治上的自救运动，非出梁本意，然而事后梁极力为此事洗刷，坚决说“全国请愿联合会”不是他所筹组，而是袁硬性替他署名于上的，这似乎又否认得太勉强。

　　全国请愿联合会于9月19日在北京安福胡同成立，这是个名副其实的帝制行动团体，比起筹安会挂研究之名要实际得多，这也正是梁士诒不同于杨度的地方。全国请愿联合会的发起宣言如下：

　　民国肇建，于今四年，风雨飘摇，不可终日，父老子弟，苦共和而望君宪，非一日矣！自顷以来，廿二行省及特别行政区域暨各团体，各推举尊宿，结合同人，为共同之呼吁，其书累数万言，其人以万千计，其所蕲向，则君宪二字是也！政府以兹事体大，亦尝特派大员，发表意见于立法院，凡合于巩固国基，振兴国势之请，代议机关，所以受理审查，以及于报告者，亦既有合于吾民之公意，而无悖于政府之宣言，凡在含生负气之伦，宜有舍旧图新之望矣！惟是功亏一篑，则为山不成，锲而不舍，则金石可贯。同人不敏，以为我父老子弟之请愿者，无所团结，则有如散沙在盘，无所榷商，则未必造车合辙，又况同此职志，同此目标，再接再厉之功，胥以能否声合进行为断；用是特开广坐，毕集同人，发起全国请愿联合会，议定简章凡若干条。此后同心急进，计日成功，作新邦家，慰我民意，斯则四万万人之福利光荣，匪特区区本会之厚幸也。

　　请愿联合会职员人名表

　　正会长沈云沛，副会长那彦图、张锦芳，文牍主任谢桓武，副梁鸿志、方表，会计主任阮忠桓，副蒋邦彦、夏仁虎，庶务主任胡壁城，副权量、乌泽声，交际主任郑万瞻，副袁振黄、康士铎。

　　请愿团体名目表

　　人力车夫代表请愿会 北京人力车夫发起。

　　乞丐代表请愿团 北京乞丐发起。

　　妇女请愿团 安静生所发起。

　　公民请愿团 各省官吏用本籍公民名义组成。

　　筹安会 杨度等发起。

　　筹安会请愿代表团 筹安会各省代表组成。

　　商会请愿团 北京商会冯麟霈、上海商会周晋镳等发起。

　　教育会请愿团 北京梅宝玑、马为珑发起。

　　北京社政改进行会 恽毓鼎、李毓如发起。

　　旅沪公民请愿团 陈绍唐等发起。

　　妇女请愿团，发起人是安静生女士，绰号安大浪，其请愿书有云：

　　吾侪女子，群居噤寂，未闻有一人奔走相随于诸君子之后者，而诸君子亦未有呼醒痴迷醉梦之妇女，以为请愿之分子者。岂妇女非中国之人民耶？抑变更国体，系重大问题，非吾侪妇女所