省按照计划执行。关于总统问题，主战派内部存在不同的两种意见：一种是主张以临时参议院代行选举权，选举总统；一种主张迅速召集新国会以便如期进行总统的选举。段决定采取后一种办法。

　　曹锟和王占元联合请求恢复陈光远的原官，撤销王汝贤、范国璋二人的处分，对冯玉祥不咎既往。这样一来，汉口的督军会议变成了对直系的缓和态度。这是因为曹锟态度大变。天下事就是如此奇怪，曹锟以直系的一分子，忽然转变为督军团盟主和主战派领袖，段祺瑞再起组阁，他是重要的一分子，现在他表示要对直系和好，也正符合段的北洋派大团结的要求，因此汉口会议便促成皖系对直系和善的决定。

　　汉口军事会议结束后，曹锟、张怀芝、倪嗣冲于4月26日联合电请政府迅速召集新国会。北京国务院于5月4日通电否认要以临时参议院代行国会的一切职权。

　　为了真的表示对直系的宽大，以达到北洋派大团结的目的，段又电约倪嗣冲、卢永祥两人先到南京等候。25日晚段由汉口动身，乘楚材军舰东下，因马力开得太足，撞沉了招商局的江宽号，溺死乘客近千人，楚材号负伤停驶，段换乘护送舰楚泰号鼓棹疾驰而去。26日在九江和陈光远见面。27日到南京和李纯见面。并且在李、倪、卢三人间做和事佬。27日晚由津浦路北返，28日回到北京。

　　段在南巡期间，全国掀起了反对中日密约的浪潮。原来段在任参战督办时，以参战为名和日本洽商借款，名义上是编练参战军，实际是拿日本借款进行个人建军工作，并以一部分作为征南战费和筹备新国会之用，这些交涉不要说冯国璋不知道，连北京外交部也不知道。段组阁后，日本更提出四项条件：（一）共同出兵西伯利亚，由日军指挥华军。（二）发行军用票。（三）临时管理中国交通、军械、实业、经济、教育、外交。（四）合组运输大同盟。日方要中国严守秘密。3月24日中日双方交换照会，消息当然关不住，于是全国便掀起了反对中日秘密外交以及反对继续用兵的高潮。段在武汉也受到压迫，武汉各团体和商会都派代表直接请愿停止内争，段自然不予接见。段的苦恼是刚好压制了直系主和，可是全国性的反战，使他“武力统一”的政策又受到打击。因此他的南巡，毫无成绩可言。