孙中山在广州组府时，邓铿疏导陈炯明和国民党之间隔阂不遗余力。孙中山出师广西，粤军许崇智部随行，邓铿一面主持粤军军事，策划弹械饷糈之接济；同时以留穗监督陈炯明自任。陈炯明的亲信有犯法的，常受邓铿的呵斥，陈的左右对邓铿积怨甚深，认为邓铿是粤军中的孙中山亲信，视如眼中之钉。

　　孙中山出师时，邓铿特拨自辖之一团为孙的警卫团，以邓的副官长陈可钰统率，用以保护孙的安全。北伐军军饷，就是邓铿一力筹措的。

　　3月中旬，孙中山的代表伍朝枢和段祺瑞的密使周善培从北方到了香港，邓铿和谢持由广州专程赴香港迎迓。这次行踪除了粤军总司令部重要人物知道外，并无外人知悉。邓启程时，陈炯明曾亲自送到楼梯，表现得非常客气，其客气的程度，简直是以前所没有的。

　　3月21日邓由港返粤，在广九铁路大沙头车站下车，在车站外突遭暴徒狙击，连中数弹，弹贯胃部，流血倒地，随行人员急扶邓上车，径驰粤军总司令部。军医赶来施行急救，邓喘着气对其左右说：“我知道参谋长地位危险，可是我觉得自己人何必杀自己人？”有人问邓知不知道凶手为谁？邓叹气说：“我认得，可是真料不到他杀我。”于是大家追问凶手姓名，邓则摇头不答。由于伤势沉重，乃由总部转送至韬美医院诊治。邓铿自己感到伤重，不可能好转，不过他很泰然，对家人说：“我的才学不如朱执信，执信已先我而死。身为革命党人，为国家牺牲，也是值得的。天下不容好人，付之叹息而已。”

　　3月23日午前5时，这位孙中山倚重的革命军人终告不治逝世。死时才38岁，英年有为，不幸死于国事，令人万分哀痛。

　　邓案发生后，政务厅长古应芬怀疑凶徒匿居香港，派夏重民赴港密缉，获知主谋者为陈炯明族弟陈远生嗾使黄某收买凶手谋刺，曾密报香港政府。

　　邓铿殉难消息传至桂林，胡汉民、许崇智、蒋中正均伤悼恸哭，孙中山尤为悲怆，电陈炯明云：“仲元遽以创死，伤哉！平日忠于国事，勇于奋斗，前途之望，正复无量！壮年遽殒，不止粤中惜此人才也。”廖仲恺致蒋中正函云：“仲元遽遭惨害，吾党健者又弱一个，吾侪与仲元相处逾十年，道义之交海内有几？追怀良友，辄复怆然出涕。渠生前至爱赣园，临终亦以执信为念。赣园适与执信墓相对，故拟卜葬于此，已电园主协和（李烈钧）借地矣。”

　　邓铿被刺后五日，3月26日，孙中山在桂林的大本营内召开紧急会议，讨论当前动向，咸认为后方没有可依靠的支援和接济，是无法向前推进作战的。因此是否北伐？必须先问明陈炯明的态度。正如诸葛武侯北伐之前，需先平定南蛮。于是在会议中决定，北伐军以一部潜师先到梧州，再由西江回到广州；另一部潜师先到韶关，再由北江压迫广州。

　　桂林的决定最重要是机密，可是这道密令发出后，北伐军先遣司令谢文炳（许崇智的旅长）已经进抵全州，接到这道密令后，即转报陈炯明，陈得到谢文炳的报告，立即采取行动，秘密调回驻扎浔州以上的叶举、杨坤如等所属粤军五十余营，扫数开回梧州。并令驻广州的粤军第一、第二两师加强戒备，准备用武力阻止北伐军回穗。同时电询胡汉民，问孙中山是否班师？胡答以当前情势欲进不能，只好作归计。

　　4月9日，孙中山偕同许崇智、朱培德等离开桂林，行抵濛江即遇到陈炯明的部队在该地布防。孙下令这些布防军队不得阻止北伐军，否则武力对待。

　　4月16日孙中山抵梧州，即召集军事会议，孙说：“在桂林时我们没有后方，现在到梧州来也没有后方。我们只有以广州为后方，从韶关出师。”与会人士一致赞成，孙乃决定先返广州解决陈炯明以安定后方。这时陈少白、曹亚伯均自广州来梧州，为陈缓颊。孙很生气说：“他总不能阻止我革命！”

　　孙中山在梧州和肇庆两次电召陈炯明来商讨一切，陈均不肯应召，乃决定免除陈的陆军部长、内政部长、粤军总司令、广东省长各职。胡汉民认为如果操之过急，恐生变动，不必太严厉处罚。黄大伟、魏邦平亦劝孙息怒，于是乃派汪兆铭见陈转达孙的意旨：（一）省长、总司令让出一职。（二）北伐军需换新枪。（三）北伐军军费须于六个月内筹齐。另一方面孙令蒋中正进兵肇庆。

　　这时陈炯明在广州的兵力单薄，所属叶举等部尚在南宁，所以不敢明白反对孙中山。乃电请辞去内务总长、陆军总长、广东总司令、广东省长各职。

　　4月21日孙中山下令免除陈炯明内务总长、广东总司令、广东省长各职，令其专任陆军总长，广东总司令一职即行裁撤，广东陆海军均改归大元帅直辖，并任命伍廷芳为广东省长，魏邦平为卫戍总司令。

　　魏邦平原是亲陈炯明的，现在则转变到孙中山一方。他的部队已有三师调回广州，因此孙任命魏为卫戍司令，他是有力量可以控制局势的。

　　陈炯明在广州接到孙中山调职命令后，乃召开紧急会议，由于广西的陈炯明嫡系军队未能及时赶回，第二师师长洪兆麟请假在上海未归，而魏邦平的态度又已转变，同时拥护孙中山的广东军队李福林部福字军由韶关向南开进，许崇智部第二军由肇庆向东开进，广州无力可守，因此他宣布“遵令卸职”，4月21日