分由大庾、信丰向粤境南雄前进。其他各军则暂驻赣境，李烈钧留守赣南，以为后方屏蔽。回师行动开始，不料粤军第一师梁鸿楷抵达信丰，竟不依照原定计划，连夜向三南方面退入连平，潜归惠州，与陈炯明会合。第一师是邓铿所手创，北伐入赣后和许崇智等部共同作战，颇有战功，不料陈炯明叛变后，始而踌躇不决，继而甘心从逆，邓铿地下有知，真是死不瞑目。

　　梁鸿楷投逆后，胡汉民主张尾追，先肃清东江。许崇智则主张径向韶关回师，因已约定滇军为右翼，许军与福军担当正面合攻韶关，经东江至广州路远，孙中山困处兵舰上应急赴援为宜。如果径追梁军，福军独任回师之责恐力不能胜，而滇军因不知究竟，易启疑窦。

　　胡汉民同意许崇智主张，决定向韶关进兵。

　　7月2日北伐军许崇智、李福林、朱培德、黄大伟诸部皆入粤境，自南雄、始兴直指韶州，决定攻韶计划：

　　（一）以滇军朱培德全部由江口渡河经仁化向韶州进攻。

　　（二）以李福林全部沿河左岸，经周田大桥、长坝、黄浪水向韶州进攻。

　　（三）以第二军之许济、孙本戎、谢宣威等由火山、大塘方面向韶州进攻。

　　其他部队为预备队，另以第九旅黄国华部由三南方面还攻翁源。并同立誓约，约词：“三军一致，誓同生死，拥护孙大总统，平定粤省之乱，如有异心，天诛地灭。”

　　许崇智自南雄驰电给孙中山：

　　陈逆叛变，围攻公府，令人切齿痛恨。北伐各军业已集中南雄，指日进攻韶关，誓必讨平叛逆。朱总司令所部滇军尤为奋勇，业已开拔前进，想叛军不足当其一击也。

　　许崇智电报到孙中山手中时，海军方面却又有不稳的消息。

　　由于陈炯明倾全力收买海军，海军司令温树德为何某所挟制，态度趋于暧昧。各舰长有移往西江之意。早在6月2日，孙曾召集海军各舰长训话，说明坚守黄埔，舰队不可移动的理由：西江水浅，如各舰移往，则三大舰仍需留黄埔，如此则海军分而力弱。何况黄埔地位重要，是广州的咽喉，又有长洲要塞，其价值较西江为重要。如果大本营一离黄埔，则长洲要塞就可能守不住，广州水陆形势全入叛军之手；海军一往西江，重来广州较难，如果北伐军回粤，就无法收水陆夹攻之效，因此以不动为宜，坚持以待北伐军来援。

　　7月5日陈炯明再遣钟惺可登永丰舰谒孙中山，孙对钟义正词严地说：“陈炯明对我只有悔过自首，才可以言求和，因为他是犯上作乱，对乱臣贼子怎有言和可言。”

　　陈炯明第一次派钟惺可来求和时，是7月1日，当时魏邦平也登舰谒见孙中山，请示可否让他调解，孙责魏以大义，勉其效陆秀夫而以文天祥自待。孙说：“宋亡还有文天祥、陆秀夫，明亡亦有史可法。我们今天遭遇叛乱，如果没有文天祥、史可法，则何以对民国已死无数之同志？”钟惺可第二次登舰时，魏邦平也派人随同前来，请示愿任调停之责，其办法为：（一）陈军退出广州城；（二）恢复政府；（三）北伐军停止南下。

　　其实魏邦平所提三点，陈炯明并未答应，陈的求和只是缓兵之计，一方面向孙中山求和，一方面全力收买海军，海圻、海琛、肇和三大舰均被收买，打算径自脱离孙指挥，驶离黄埔，任由鱼珠、牛山的叛军炮台轰击其余各舰。

　　7月8日三大舰叛离图遁的消息经已证实，孙中山乃决心将各舰移驻长洲要塞后方之新造村一带，免被叛军封锁。

　　当晚11时，海圻、海琛、肇和三大舰升火起锚，离黄埔外驶，孙中山乃下令其余各舰自黄埔上驶，经海心冈驶往新造村附近，掩护长洲要塞，以防鱼珠叛军袭击。

　　由于海军三舰退出，战斗实力减弱，孙中山乃决心守卫长洲要塞。9日下午1时，鱼珠炮台的叛军钟景棠部渡河袭击长洲。要塞司令马伯麟部开枪应敌，叛军死伤甚众。可是海军陆战队孙祥夫部叛降陈军，反戈相向，引敌登陆，长洲要塞遂告失守。海上各舰在望远镜下看到，愤恨不已，即向鱼珠叛军轰击，只以距离太远不能收效。

　　马伯麟退出长洲要塞，即登永丰舰向孙中山请罪，孙颇予优礼，同时下令各舰集中新造西方，收容要塞溃兵。孙主张在长洲要塞失守后，唯有进攻车歪炮台，以为海军根据地。马伯麟及部分海军将领认为车歪炮台地形险隘，炮队密布，攻夺不易，就是想通过也很困难，所以大家仍主张把舰队移到西江去活动。可是孙中山坚持原意说：“我们如往西江，必须经过中山、鱼珠各炮台，何况三大叛舰驻守沙路港口，正监视我们各舰行动，就算我们能冲过中山、鱼珠，三大叛舰也会阻挡我们，到那时岂不是进退两难。所以我们唯有出击车歪炮台，驶入省河，别无他途。”各舰长在孙指示下乃鼓勇驶入省河。

　　10日上午2时，孙中山率领永丰、楚豫、豫章、广玉、宝璧等舰由海心冈驶至三江口，天色微明，各舰乃向车歪炮台叛军阵地试射，叛军还击，一时炮声隆隆。当时舰队炮少，叛军据有炮台形胜之地，布置既密，大炮又多，因此各舰只虽然发炮，却彷徨不敢驶进。孙慷慨对各舰下令说：“民国存亡，在此一举，今日之事，有进无退。”9时半孙先以座舰永丰舰率先前进，然后再命其他各舰随后前进，向车歪炮台猛轰。豫章舰长欧阳格最告