团兵禁止游行队伍通过，群众不服，团兵竟向群众开枪惨杀20余人，且对于伤者挖腹摘心，残忍万状。第二天商团联合会散发传单侮蔑政府，商团总部亦派团兵巡街，且迫令商店罢市，宣称陈炯明即将返穗，截断广韶交通。蒋中正乃驰函请孙中山自韶关班师回穗平乱，10月14日孙中山下令平乱，令云：

　　兹为应付广州临时事变，未平定期内，所有黄埔陆军军官学校飞机队、甲车队、工团军、农民自卫军、陆军讲武学校、滇军干部学校、兵工厂自卫军统归蒋中正指挥，以廖仲恺为监察。此令：陆军军官学校校长蒋中正、航空局长陈友仁、甲车队队长卢振柳、工团军团长施卜、农民自卫军主任罗锜园、讲武学校监督周贯虹、滇军干部学校校长周自得、兵工厂厂长马超俊、警卫军司令黄铁城。

　　15日蒋中正督率各军进攻商团，经两天一夜，商团副团长李颂韶出面愿缴械赎罪，商团叛变遂告敉平。

　　13年8月及12月，黄埔第二、第三期学生相继入校，共2289人，革命军领导的干部由此建立，中华民国的历史也进入了一个崭新的时代。