长郭秉文免职，主张教育独立，不宜随政潮进退。

　　14年1月13日北京执政府下令奖励孙传芳撤兵回浙。这显示段祺瑞把齐孙分别处理，孤立齐燮元。

　　同日又令派陈调元帮办江苏军务善后事宜，白宝山为海州护军使，马玉仁为淮扬护军使。

　　在上海的张允明部一师一旅，及陈乐山的第四师残部只有少数投入齐、孙两军。其余为数1万余人悉向租界缴械，即由租界当局收容。

　　上海的领事团，鉴于战争可能波及上海，乃开会决议：禁止中国失意军人在租界活动，并调各国的海军陆战队登陆，监视所收容的中国溃兵。

　　卢永祥在南京组织宣抚军，以奉军军长张宗昌为宣抚军总司令兼第一路军总指挥，参谋长臧致平兼第二路军总指挥，军务帮办陈调元兼第三路军总指挥，江苏全省水陆警备司令冷遹为戒严总司令。

　　苏军总指挥秦洸在苏州被当地驻军攻击，苏州商会付出一笔钱请秦洸离苏州。上海齐燮元军队即通过苏州，与常州镇江的齐氏旧部联合。

　　1月14日淞沪联军孙传芳、齐燮元联名发表通电：愿意撤退上海地域内所有两省驻军，废除护军使及镇守使名目，反对以后再设此类军职，兵工厂亦即日择地迁移。北京执政府亦颁布处置浙、沪问题三令：（一）淞沪护军使一缺着即裁撤。（二）上海兵工厂着陆军部即日饬令停止军用工作，以便招商承领改组商业工厂，并先委托上海总商会暂行接收，妥为保管，即由该部遴派专员会同该商会妥筹办理。（三）上海嗣后永远不得驻扎及设置何种军事机关。

　　1月16日北京执政府令：

　　此次苏浙军队发生冲突，闻齐燮元有从中煽惑情事。……应另派员查办外，嗣后各该省军长官，务各严饬所部，恪守疆界，不得轻信谣诼，致启衅端。如再有前项情事，定惟各该长官是问。

　　又令：

　　暂兼督办江苏军务善后事宜韩国钧，准免兼职。特任苏皖宣抚使卢永祥兼督办江苏军务善后事宜。特任方本仁督办江西军务善后事宜。长江上游总司令王汝勤着兼任帮办湖北军务善后事宜。山东、福建督理缺员着即裁撤。特任郑士琦督办山东军务善后事宜。孙传芳督办浙江军务善后事宜。周荫人督办福建军务善后事宜。派卢金山为长江上游副司令。

　　卢永祥在南京自有一套想法，其实对他来说仍是旧调重弹，他于三年前做浙江督军时，因受第一次直奉战争影响，曾一度通电倡议废督，通电中慷慨陈词，一时极为舆论所赞美，可惜后来卢氏对于通电所提倡的事，仅能做到改“督军”名称为“军务善后督办”而止，致舆论对他颇为失望。

　　14年2月27日卢永祥又电段祺瑞吁请废督。他的电文中有不少的警句：

　　……废督之议创之久矣！上既惮而莫敢为，下遂锲而不忍舍。一日不废，则一日不能息民。废督以前大要者二，曰定军制、曰划军区。然此非一省之事也，有一省以创之，中央鼓其激昂之气，推之邻省焉，推之全国焉，则事无不举矣。……应暂以徐州一带为国军区域，大江以南不再驻国军。凡驻苏国军一律调赴国军区域，悉听中央指挥，饷由部给，不干省政。苏省固有师旅，酌量苏之财力另行改编，归省长节制。浙省同时将国军调赴国防规定区域，不得仍驻江浙毗连境壤，并将军务善后悉听中央主持。

　　在当时浙江人民环请撤兵的时候，这些话是中听的，也是必要之举。同时他对江浙军务善后督办一职要求北京政府迅颁明令永远废除，为各省倡。

　　卢永祥这一个电报的“动机”从善的一方面说，他已经真实觉悟了；从恶的方面说，他想玩弄三年前的老手法。至于影响方面，在善后会议中已经有人向政府责问处置办法，政府答以通盘筹划四个字，似乎还没有同意卢氏这个废督的计划。皖督办王揖唐在京，表示赞成卢氏办法，愿将安徽军务善后督办陪同裁撤，对卢更备极揄扬。而江浙各团体亦以“与人为善”之心，纷纷通电赞成。南京方面虽有人假造省议会电报，说废督尚非其时，请政府催卢氏速就江苏军务善后督办职，可是随即经省议会正式否认了。政变以后，冯玉祥的呈请辞职，通电下野出洋，就曾博得当时舆论界的称扬。现在舆论也对卢永祥电请废督一事大为推崇。不过有实力的人附和的并不热烈。

　　江浙和约签订后，上海的护军使等军职真个废掉了，军事上所必争的兵工厂完全交由总商会接收了，浙奉两军的大队也都离去，兵也可算是没有了，上海人半年来所努力进行的避免兵祸运动，仅仅就军事关系说，到此可谓已经成功，剩下来的是上海地域内所尚未解决而成为问题的，就是上海怎样成为特别市或商埠的建设问题。

　　上海民政的改组，当初从事于避免兵祸运动的上海人似乎都还没有考虑到，执政府于1月15日所下的三个命令亦仅说到上海为通商重埠，此后永远不驻兵队及设置任何军事机关，而未说及民政事宜的如何处置。反而是齐燮元、孙传芳的联合通电中倒能说出“……其民政事宜，与平常县份不同，拟另组成政厅以理之”的一句话。战事粗定时，江苏省长韩国钧于1月29日在百忙中首先声明于上海设特别市，电聘上海旧市董李平书等11人为筹备委员，令先行拟定区域如何划分、机关如何组织、职权如何分配诸事宜。而上海有几