次上书为侯恂求情，刑部审判的结果也令崇祯很是不满，进谗言的人说候恂与郑三俊都是东林党人，郑三俊想要歪曲破坏法律释放罪人，崇祯帝一怒之下夺了郑三俊的官职交司法处置，幸亏时任宣大总督卢象升和大学士孔贞运等人求情，才被从轻刑罚，丢了刑部尚书的官帽，流放广西。

去年朝政大变，排斥东林党的首辅温体仁倒台，新任的首辅周延儒是东林人的盟友，被罢黜的东林人纷纷重获起用，郑三俊为人端庄严谨，素有清名，用他做吏部尚书，倒也适才适所。