前往北京，临行前向蔡元培告辞，蔡元培又语重心长地对他说：“从今以后，须负极大之责任，使大学为全国文化之中心，立千百年之大计。”蒋梦麟颔首称是。

蒋梦麟这一去北大，是他人生的一重大拐点。

就这样民国政府教育部批准蔡元培的请求，同意由蒋梦麟代理北大校长的职务。蒋梦麟初来乍到，凭什么才能在北大站得住脚？何况当初在他答应众人之劝代理北大之时，也并非所有教员都持欢迎态度的。在当时，门户之见、地域之见还是存在的。蒋梦麟对此倒是有心理准备的，头脑从未发过热、膨胀过。在全体学生欢迎大会结束后召开的教职员会上，蒋梦麟谦虚地说：“我只是蔡先生派来代捺印子的，一切请各位主持。”他这么一说，反对者也不便于再指责什么了。于是，在校评议会上通过了聘他做教授，担任总务长的决议。看起来蒋梦麟不惊不险地在北大被认可了，可棘手的事情还在后面。一方面被警厅拘押的学生还有一部分没放出来，一方面国会中还有人在觊觎北大校长一职。面对校内外的纷扰，尤其是民国政府官僚政客与旧势力的干扰，蒋梦麟本着《诗经·邶风·雄雉》所云“不忮不求，何用不臧”（意思是“不去害人不贪吝，走到哪儿都得成”）之精神，在胡适、汤尔和、马叙伦等一班朋友的帮助下，四处奔波，向前奋斗，终于使所有在押学生得以无条件释放，暑期结束后，新学期顺利招得新生400名。蒋梦麟总算在北大初步站稳了脚跟。

暴风雨过去了，霁日重现，新的学期开始了。蔡元培在各方一再督促之下，于是年9月20日到校，蒋梦麟向恩师蔡元培交了一份满意的答卷。蔡元培在北大任校长十年半，而实际在校办事不过五年半。凡蔡元培不在校，不论是他赴欧美考察，还是因政府腐败愤而辞职，总是由总务长蒋梦麟代理校务。除了三次代行校长职务外，蒋梦麟长期以总务长的身份，将主要精力用在协助蔡元培进行北大的体制改革上，成为蔡元培治理北大的得力助手。在蔡元培的主导下，蒋梦麟与胡适、陈独秀等人通力合作，共同把北大引上了现代大学的轨道。

在中国新文化运动史上，北大是无法抹去的一个名词，这固然与蔡元培密不可分。然而，倘若没有蒋梦麟、胡适、傅斯年等人，只怕北大在中国教育史上也要逊色不少。但对蔡元培与胡适这两位先生的办事水平，傅斯年曾