方教势力似乎从未在大明的西北边陲做乱过。整个明时，天方教与明政府的关系也相对融洽。历史上清兵南下的时候，广州的天方教众还曾经帮助过残明激烈的抵抗过清兵的入侵。

这其中一个重要原因，就是南疆叶尔羌汗国重要的财力收益，就是中原通往西域的旧丝绸之路。因此在对中原王朝的关系上，一直持积极的态度，在新朝立国之后也是如此。在新朝与西域的马匹贸易方面似乎从来没有给予过太大的阻挠。