己且依附坚城而守的倭寇，威振东南，震惊朝野。

此一役，倭寇被杀者一千二百余人，被俘者四千七百余人，解救百姓八百余人，其余淹死于海中者不计其数。

另有倭寇劫掠之财宝金银无数，皆被收缴充公。

由于老将军黄霄未按约定提前部署水师截其后路，导致贻误战机，倭寇首领山本纲夫及数千倭寇乘船逃脱，盘踞于离海波城十余里的闻涛岛上。

为庆贺海波城大捷，表彰将士功勋，经内阁严蕃举荐，朝廷特派刘晋元为御史，前来赏赐有功将士，总督抗倭事宜。