城高至四丈许，设有东西南北四门，都有瓮城。

自永宁城西门进去不远就是分守参将官署，隔着一个小演武厅，便是永宁卫司官署，而城东门那一带，则分布着巡按察院署与守备官厅，东门和北门外更有校场、演武厅、将台、马场和马厩等等。

嘉靖二十八年起，照例派协守副总兵一员驻于永宁城内，其负责监督东路、北路军务防守诸事务，自此东路参将便时设时不设。