垮掉之前，他和多迪在亚利桑那州过冬，夏天则在彩虹湖边的贝克小屋度过。他生命最后几个月是在卡特琳娜山麓的一家生活协助机构度过的。在头脑清醒的最后时刻，他告诉了多迪自己一直爱着她。

世界各地及自己家乡的讣告作者们都在评估威廉·H·马斯特斯的重要性。《华盛顿邮报》油嘴滑舌地说马斯特斯“用科学的实验室设备监控做爱的敏感动作”。《新闻周刊》称“马斯特斯和约翰逊——在他们的研究过程中分析过1万4千多次高潮——成为了这个国家最著名的窥淫癖者”。他家乡的报纸《圣路易斯邮报》语气要尊敬一些，称他为“在以前曾被忽略及充满争议的人类性学领域研究问题并寻找解决办法的先驱”。《纽约时报》写了一篇讣闻，篇幅相当于通常给总统或君主留的那么长，称马斯特斯“对性在美国被研究、教育及享受的方式进行了一场革命”。在阿尔弗雷德·金赛和西格蒙德·弗洛伊德的研究基础上，《时代周刊》称，马斯特斯和约翰逊“在半个多世纪里投入到了观察、测量、思考和揭示性交活动的机制中，并回答了怎样使那些无法或者很难享受到性乐趣的夫妇得到更好的性体验这一难题”。参照历史，该报公平地指出，马斯特斯和约翰逊揭穿了“瑞士研究者西蒙·安德在1758年得出的自慰会导致失明的论断；伊丽莎白·奥斯古德·威拉德在19世纪提出的高潮比在田地里劳动一天更让人疲倦，以及为享乐的性爱会毁掉健康的说法；以及西格蒙德·弗洛伊德在20世纪相信阴蒂引起的快感可能反映了无法解决的心理问题这一论断。”

尽管马斯特斯名声很大，拥有畅销书和非常成功的治疗诊所，但他死后几乎没留下什么。翻阅诊所的书籍，豪伊发现了他们曾错过的机会。“如果他们对华尔街的电话留点心，(把他们的疗法)以特许经营方式推广出去，并拥有大一点的公司，他们原本可以挣到几千万美元。但是诊所一直都是一间屋、一把椅子，加上我父亲和吉尼。”儿子解释道，“他们挣的钱马上就又投入到了事业上。我父亲最终离开的时候不名一文。”尽管过去上过很多头条，许多人还是觉得马斯特斯没有得到应得的认可。华盛顿大学——马斯特斯和约翰逊最重要的工作地点——选择忽略他对医学的贡献。不像印第安纳大学那样以金赛的名字建了一个学会，华盛顿大学没有做匾牌、没有设奖学金，甚至在该校的网站上都几乎没有提到马斯特斯和约翰逊。好像在妇产医院3楼什么事都没有发生过一样。朋友们和崇拜者们讥讽他们是势利鬼，说是马斯特斯让人们知道了世界上有个华盛顿大学。“在很多年间，华盛顿大学都是通过比尔·马斯特斯被人知道的。”恩斯特·弗里德里希医生回忆道。他在这家医学院工作了40年后于1998年退休。“我去参加国际会议时，每个人都知道比尔·马斯特斯。当我提到‘华盛顿大学’，他们会说，‘噢，那就是马斯特斯和约翰逊！’比尔·马斯特斯对他们来说比任何人都熟悉。”

在澳大利亚做一个电视纪录片时，豪伊接到了父亲去世的电话。他当时其实已经准备离开澳大利亚了，因为几天前母亲刚刚去世了。86岁的伊丽莎白·艾利斯·罗耶尔在康涅狄格州威尔顿的一家私人疗养院去世，那里离她孩提时生活的地方很近。2000年，她的第二任丈夫威廉·罗耶尔少将去世后，她离开了缅因州。豪伊先作为家里唯一能够出席的成员在图森停下来参加了私人悼念仪式。“在那里我一个人都不认识。”他回忆道。“那些人基本上都是图森人”，是他父亲晚年认识的。据弗兰·贝克说，马斯特斯的遗体火化了，骨灰用飞机撒到了亚利桑那州以及阿第伦达克山脉的彩虹湖地区。他自己的碎片最终栽种在了他认识多迪的地方。

对比尔·马斯特斯的主要悼念活动是几周后由罗伯特·科罗德尼连同其他朋友和家人组织的，他们在华盛顿大学那里的格雷厄姆教堂举行了追悼会。尽管很久以前就离开了诊所，科罗德尼一直都对马斯特斯有一种理想化的崇拜。他在《性研究杂志》上写了篇长文，称比尔为“20世纪性学研究领域的一位巨人”。他认为马斯特斯是一名有勇气、严格要求自己的专业人士，他用精准的眼光对人类行为进行不确定的研究开创了先河。但是马斯特斯有时候好像无视自己的个人生活，那些可能引起灾难的冒险以及他本性中有一些会引起深深失望甚至是悲剧的黑暗、冷漠的一面。“他习惯性地隐藏自己的情绪和感觉，至少在我认识他的33年中都是如此。”科罗德尼回忆。“比尔的生活充满了关于他想做怎样的人以及事情应该怎样的幻想。现实则要麻烦很多。”有段时间科罗德尼考虑写本关于比尔的书，但最终没有这么做。

约翰逊主动表示要参加2001年5月20日星期日的追悼会，以及周六晚上在查斯公园广场酒店举行的小型私人晚宴。他们离婚已经8年了。他们一起生活时的朋友和同事，比如佩吉·谢普利、迈克·弗赖曼医生及其夫人、马克·施瓦茨，以及前《花花公子》编辑纳特·莱尔曼，都表示愿意在这次私人聚会中纪念马斯特斯。

就在这次悼念活动前，约翰逊唯一的弟弟拉里因肺癌去世。痛失亲爱的弟弟——无疑也加上她对马斯特斯去世的痛惜——导致她情绪非常低落