太祖認為一黨不一定同謀，他不相信李家的人會造反，所以看在臨安公主及兒女親家李善長的分上，免了李存義的死，安置在江蘇崇明島。

不過太祖的疑心越來越重，所以案子還是牽連不斷，到得洪武二十三年五月，終於又掀起萬丈波瀾。事起於有個叫丁斌的人，是李善長的親戚，因罪應該充軍，李善長代為求情，太祖不許，而李善長求之不已，太祖疑心其中別有原因，命將丁斌交錦衣衛審問。一頓拷打，丁斌供出，他原在胡惟庸家管事，有時為李存義與胡惟庸傳話，頗有不足為外人道的謀議。於是將李存義自崇明島逮捕回京，他的兒子，胡惟庸的姪女婿李佑自然亦到案了。

這一審真相大白，最初是李存義受胡惟庸之託，去勸李善長謀反。李善長大吃一驚，疾言厲色地叱斥：「你在說甚麼？！你想滅九族？」

胡惟庸碰了釘子不死心，過了些日子，託李善長的一個總角之交楊文裕再去做說客，許以事成之後，割淮西之地封李善長為王。據楊文裕回報，李善長雖拿他罵了一頓，但看樣子他對封「淮西王」這一點頗為心動。

於是胡惟庸親自去拜訪李善長，試探之下，果如楊文裕所言。因此，過了些日子，胡惟庸便又指使李存義再去剴切相勸。

這一回李善長嘆了口氣說：「我今年七十七，去日無多。等我死了，隨便你們怎麼去搞吧！」

這已有縱容的意思，更糟的是還有包庇的實據。兩年以前，開平王常遇春的妻弟，涼國公藍玉，奉命出塞，在捕魚兒海地方，抓到了一個以前為胡惟庸充任勾結元朝後裔的密使封績。報告到京，李善長將這件事隱匿不奏。太祖命錦衣衛逮捕封績，果有其事。這時御史臺墻倒眾人推，交章嚴劾。李善長被捕審實，覆奏一上，太祖以李善長開國元勛，知道逆謀而不舉發，狐疑觀望，心懷兩端，大逆不道。全家包括妻、女、弟、姪，共七十餘口，連七十七歲的李善長，盡皆處決。唯一活命的是駙馬都尉李祺，連同臨安公主一起遷到淮西安置。

為這件案子，太祖寒心極了，也傷心極了，對胡惟庸、李善長，他覺得自己相待之厚，至矣盡矣，而居然想奪他二十五歲起兵血戰經營，打了十五年才打下來的天下，人心可怕，一至於此！因此也就起了一個甚麼人都不能相信的想法。窮追大索，決意除惡務盡，先後族誅的人數達三萬人之多，株連所及，除封侯的七家勛臣以外，連皇八子朱梓亦在其中。

朱梓於洪武三年封潭王，十八年就藩長沙，英敏好學，敬禮儒臣，實在是個賢王。只以王妃之父都督於顯、長兄寧夏指揮於琥，同為胡惟庸黨羽而被誅，潭王內心不安，太祖特為遣派使者去慰勸，但不應有召見之諭