哈赤再次发动了大规模进攻，将之前满嘴跑火车的王化贞打得全军覆没，里应外合一举拿下广宁城，幸亏熊廷弼带5000士兵阻击断后，才保护着当地十几万边民以及王化贞本人撤入山海关，免遭敌人屠杀。事后明王朝不分青红皂白，将两人一起下牢狱。熊廷弼之所以眼睁睁看着王化贞胡搞，不是他没能耐，实在是王化贞后台太硬，他的坐师，就是东林党的“托塔天王”叶向高。两次交恶东林党，第一次被骂走，第二次被陪绑，东林党真是熊廷弼的霉头。

东林党没想到的是，熊廷弼也成了东林党的霉头。天启四年（公元1624年）四月，东林党在与魏忠贤“阉党”的争斗里已是下风，多名同僚遭排挤，要害部门也被魏忠贤亲信把持，刚直的杨涟决定冒死一搏，弹劾魏忠贤，结果反被天启皇帝下狱。魏忠贤决定彻底肃清东林党，此时被关押在牢狱里的熊廷弼，就是最好的由头。结果魏忠贤兴起“辽案”，和东林党对骂了一辈子的熊廷弼“被东林党”，杨涟等人全成了他的同伙。之后东林党多人被迫害致死，魏忠贤权倾朝野。被东林党坑了两次的熊廷弼，反倒成了东林党覆灭的导火索。