友——身为前线主帅的刘牢之。刘牢之顺水推舟，给老朋友一个面子，安排刘裕在自己麾下做了一个小军官。刘裕从此开始崭露头角。孙恩起义之所以强大，一个重要原因，就是孙恩手里有当时东晋最精锐的水军，最大的战船，长达50多米，远远胜于东晋政府军的战船。北府军虽然在陆战中，足够和北方最精锐的骑兵抗衡，但是到了水里就大大逊色了。这时候只是个小军官的刘裕发现了孙恩部队战船的毛病：船大了，就不灵活。在他参加的第一场战斗里，他就带领一小队士兵乘坐小船突击，竟然一举凿沉了孙恩的大船，此举一下子撼动了前线。之后的数次战斗中，他更是身先士卒，冲杀敌阵，屡屡立下战功。他还很有计谋，比如在海盐之战里，他用疑兵之计，在兵力严重不足的情况下，成功吓跑了企图偷袭的孙恩。东晋稳定了战线，他的官职也节节高升，东征孙恩之战结束的时候，他已经是北府军中重要的将领。值得一提的是，比起淝水之战时期，那支纪律严明，作战勇敢的虎狼之师，这时候的北府军，无论是战斗力还是作战素质，都大大退化了。不但没有当年与北方骑兵交手时一往无前的气概，军队里的将领，还经常纵容士兵抢掠，甚至杀良冒功。只有刘裕的军队例外，他的军队纪律依旧严明，与民秋毫无犯，是当时北府军中的一大另类。

另类的刘裕，很快迎来了人生里的另一个考验，在孙恩之乱接近平定的时候，摇摇欲坠的东晋政权，又发生了内讧。公元402年，荆州刺史桓玄突然发难，率军一路东进，攻克了东晋的都城建康，废掉了晋朝皇帝，改国号为“楚”。这个桓玄，就是赫赫有名的东晋权臣桓温的儿子，比起他一辈子都没胆量篡位的老爹来，桓玄胆大包天，不但篡位成功，更开始了对东晋重臣们的清算，其中首当其冲的就是战功卓著的北府军统帅刘牢之。刘牢之可以说是当时东晋的第一战神，在淝水之战中，正是他率军奋勇冲锋，把苻坚的80万大军冲得大溃，成就了以少胜多的经典战斗。沙场上勇猛，官场上却窝囊，桓玄篡位之后的第一件事，就是剥夺了刘牢之的兵权，然后又逼刘牢之自尽，一代名将，最后含冤上吊。杀刘牢之，桓玄等于把整个北府军都得罪了，在北府军中，刘牢之好比这支部队的再生父母，是这支强大军队的缔造者，他蒙冤身死，让整个北府军从此视桓玄为“死仇”。对刘裕而言，刘牢之对他有知遇之恩，平定孙恩的时候，刘牢之很赏识刘裕，正是因为他的大力提拔，刘裕才成为了一个高级将领。如今恩人被害，换作任何人都会怒火万丈，但刘裕此时却表现出难得的冷静，他知道自己此时的实力，根本无法和桓玄抗衡，所以人在屋檐下，也就只好低头了，桓玄篡权之后，刘裕主动向桓玄表示投靠。他的投靠，在桓玄看来有很重要的意义，强大的北府军，一直让桓玄如鲠在喉，而今得到了北府军中的重要人物刘裕，也就等于瓦解了这支军队。所以桓玄非常高兴，对刘裕的招待很优厚，不但经常邀请他饮宴，刘裕要装备要钱粮，桓玄也很大方地一一满足。当时桓玄身边的许多人，都劝桓玄趁机除掉刘裕，如果桓玄是一个守成之主，他也许会这样做，可桓玄是一个有理想的人，他对属下说，我要成就大事，就必须重用刘裕，特别是他日横扫北方，刘裕肯定是一把杀敌的利器。也就是说，在桓玄的理想里，称帝只是第一步，他要做的还有自己父亲毕生夙愿：收复北方，统一华夏。

但是桓玄没有想到，刘裕这把“利器”下手的第一个目标，竟然就是他自己。在投靠桓玄的这段时间里，刘裕一直养精蓄锐。为了表达对桓玄的效忠，他主动把自己的许多部下遣散到了别处，比如他把自己的亲信何无忌派到了庆阳，同宗兄弟刘毅派到了广陵。广陵此时是桓玄的弟弟桓弘的地盘，派刘毅过去，似乎是让自己的亲信，处于桓玄势力的监控之下。表面看，刘裕是在主动肢解自己的军队，表示自己毫无反对桓玄之心，事实上，他是给桓玄埋下了无数颗定时炸弹。到了公元405年二月，这几颗炸弹终于爆炸了，是年，刘毅在广陵起兵，杀掉了桓玄的弟弟桓弘，桓玄政权的一大臂膀，就这样给砍掉了。与此同时，刘裕也在京口发难，趁着桓玄打猎的机会发动政变，一举杀死了桓玄的堂兄桓修。如此一来，桓玄的羽翼顿时被斩掉了，势单力孤的桓玄，仓皇之下连忙逃跑到了荆州。之后刘裕乘胜追击，檄文各省，声讨桓玄的罪状，东晋的各派势力眼看桓玄倒台，纷纷表示支持刘裕，争着做墙头草。这场原本势力悬殊的较量，因为刘裕的缜密筹划，至此已经掌握了主动权。随后刘裕带兵进入了建康城，被推举为反对桓玄篡位的“盟主”。到了公元405年四月，凭借着“拥戴东晋”的名义以及迅速扩充的军队，刘裕彻底消灭了桓玄的势力，并且掌控了建康的局势。次年三月，刘裕扶持晋安帝复位，这时候的刘裕，已经官升侍中、车骑将军、都督中外诸军事，俨然成为了国家柱石，确切点说，是国家的权臣。

对于当时的东晋王朝来说，无论是刘裕赢还是桓玄赢，都是没有区别的，因为不管谁赢，东晋的皇帝都差不多是傀儡。但是对于中国历史的发展来说，刘裕和桓玄的这一场较量，意义却远远超过了改朝换代。桓玄是东晋权臣桓温的儿子，世