1年，王敦先是亲自率军击杀了不肯听命司马睿的江州刺史华轶;3年后，他又派大将陶侃剿灭了活跃于湖北、湖南一带以杜弢为首的四川流民军。可以说，王敦用“铁和血”为东晋立国做好了军事上的准备。

王导做好了内政上的准备，王敦又做好了军事上的准备，此时，司马睿立国江南可谓万事具备只欠东风了。

公元316年，长安被匈奴铁骑踏破，晋愍帝被俘，王氏兄弟和司马睿终于等来了“东风”。王敦作为威名显赫的大将，率先向司马睿上劝进表，支持他称帝江南。在王敦的带动下，其他拥兵在外的大将，如并州刺史刘琨、豫州刺史祖逖、幽州刺史段匹(鲜卑人)等也先后上劝进表，支持司马睿称帝。

公元318年，在晋怀帝、愍帝先后被俘，北方流民，南北方士族和军事实力派人物一致支持的情况下，司马睿水到渠成，顺理成章地在建康登上皇位，东晋正式立国。至于晋书记载的晋元帝司马睿登基时，邀请王导与他共坐龙椅，接受百官朝贺，“王与马共天下”一事，虽属后人加工渲染，不太可信，但至少能说明两点：一，司马睿对王导一手策划帮助他这个皇室远支子弟登上皇位，心怀感激;二，也是更重要的一点，在东晋“王与马共天下”的政治格局中，琅邪王氏居主导，皇权处弱势，所以司马睿不得不对王导敬重有加。

晋国初建，“王与马共天下”的实质是王导在京城总理内政，王敦在外总督军事。可以说，皇权在与琅邪王氏所代表的贵族特权的斗争中，完全处于弱势。

正因为如此，司马睿继位不久，便对琅邪王氏有了“鸟尽弓藏”的想法。他重用寒族子弟刘隗、刁协，有什么重大决策都与他们商量，而不让王导参与，希望以此逐渐驾空王导在中央的权力。

面对司马睿的“鸟尽弓藏”，王导虽有不满，但为了顾全大局，他还是极力掩饰，在朝廷里尽量做出若无其事，一如往常的样子。自小就骄傲蛮横的王敦，就有些坐不住了，他得知王导被冷落后，立刻上书司马睿为王导喊冤，并要求讨回公道。这份奏表先是落到了王导手里，王导为了稳定全局，不想让琅邪王氏与皇室的矛盾公开化，所以就把这份奏表又退了回去。

骄横惯了的王敦，哪肯就此善罢甘休，他不依不饶地又把这份奏表给递了上去。果然不出王导所料，司马睿在看到这份奏表后，对琅邪王氏更有戒备疏远之心了。他命心腹刘隗、戴渊分别领重兵驻守合肥和淮阴，名义上是北上征讨匈奴人，实际上是让合肥、淮阴、建康三地驻军形成犄角之势，专门防备王敦。

司马睿启用刘隗、刁协这样的寒族人士来防范王敦这样的高等士族，无疑激怒了已经窝了一肚子火的王敦，并使司马皇族和琅邪王氏所代表的士族集团的矛盾，走向公开化。

公元322年，王敦以“清君侧”，诛杀刘隗为名，率军进攻东晋都城建康。

王敦起兵后，刘隗立即进言司马睿，要求以王敦叛乱为由，将京城里包括王导在内的琅邪王氏子弟全部斩尽杀绝。对于这个建议，司马睿权衡再三，最终给予了否决。司马睿没有因为王敦叛乱，而将琅邪王氏灭族。笔者认为他主要有三点顾忌：一，司马睿还是顾念旧情的，不愿将昔日帮他登上皇位的恩人王导送上刑场;二，前方战事胜负难料，司马睿在为自己和皇室留后路，不敢把事情做得太绝;三，如果将声名显赫的魏晋第一家族琅邪王氏灭门，势必激起其他大族对他的猜疑、不满和怨恨，这样即便前线获胜，他也将失去他的统治根基——士族的支持。

后面事态的发展，证明司马睿的投鼠忌器，预留后路的做法是很有预见性的。王敦大军从武昌(今武汉市)出发，运用机动灵活的战术，一路势如破竹，很快打败了刘隗、刁协等人所率领的守军，占领了东晋的都城建康。

进入建康后，除了政敌刘隗、刁协一死一逃外，王敦找王导商量如何在朝臣中重新洗牌，制定了敌对朝臣的黑名单，并根据这份名单诛杀了周、戴渊这样久负名望的大臣。然后，王敦又在朝廷内外广树亲信，不但加封自己为丞相兼江州牧，并进爵武昌郡公，而且还将许多琅邪王氏子弟一一安排要职。而此时的司马睿，这个由琅邪王氏一手捧上皇位的皇帝，也终玩火自焚，彻底沦为了琅邪王氏的提线木偶。后来，没过几个月，司马睿便忧愤而死。

可以毫不夸张地说，此时的琅邪王氏爬上了其家族政治命运的巅峰，而王敦、王导兄弟此时的权势、威望，比起当年司马师、司马昭兄弟也是有过之而无不及。实际上，王敦也确实有“司马昭之心”。司马睿死后，王敦忌惮太子司马绍贤明，提议改立一个更易受控制的皇室子弟为帝，为自己日后称帝，改朝换代做准备。

显然，从琅邪王氏再“高升一步”的角度出发，王敦的提议是有道理的，但这次，王导却极力反对，并用自己在朝中和家族内的影响力使王敦这个提议“胎死腹中”。那王导为什么要阻止王敦改立新皇呢？主要有以下三点原因：

一、一手策划建立东晋的王导，是晋皇室的大忠臣，对司马氏忠心耿耿，力阻王敦改立新皇，是恪守臣节。

二、东晋“王与马共天下”的政治格局，不仅在于贵族特权对皇权的牵制，也在于各个贵族之间的互相牵制。王敦第一次发兵进攻建康，能得到大多数士族的支持，是因为他们同样不满意司马睿为加强皇