。如今接受这块赠予的土地，只当是留作子孙的遗产，并没有精力进行殖民。因此，在最初的几十年里，只有圣文森特和伯南布哥（原名为新卢济塔尼亚）两块领地得到发展，这要归功于种植甘蔗的明智选择。而在其他地方，由于领主的无所作为，劳动力的缺乏，土著人的仇视以及陆地与海洋上的各种灾难，很快便陷入到混乱之中。整个海岸面临着分裂的威胁。他们彼此隔绝，意见不一。既没有统一的法律，也没有防御能力，更没有要塞与士兵。在领地之上，无论是凶猛的敌人还是狂妄的海盗，都肆无忌惮、随意劫掠。1548年5月12日，绝望的路易斯·德·高雅斯写信给国王：“……若陛下不尽快救助巴西海岸与各处领地，不仅我们会失去生命与庄园，陛下也将失去自己的土地……”只有葡萄牙向巴西提供统一的组织力量，才能避免这种情况发生。只有国王派一个全权代表作为巴西的最高长官，并配备足够的军事力量，才能及时恢复秩序，将正在四分五裂的巴西统一起来。

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这是巴西历史上的决定性事件。葡萄牙国王及时听到巴西的呼救，并于1549年指派多梅·德·索萨为最高长官，在巴西设立首都，建立中央政府，掌管巴西全境。首都地点不限，但最好在巴伊亚。

多梅·德·索萨早在印度与非洲就已展现过非凡的才能。除了必要的随从之外，他还带去了六百名士兵和四百名流囚。他们将成为城墙内外最早的居民。建造城市的必要材料一到港，每个人立即投入到建设之中。只用了四个月时间，便修起了城墙及防御工事，拆掉了破败的泥草房，代之以教堂别苑。他们在临时政府大楼里设立了两个行政处，分别用以管理首都与殖民地。为了司法的公正及实际的需要，他们还建起了一座监狱。这也是一个警告，预示着从此之后，一切法令都必须严格执行。在每个人心中，他们再也不是被祖国遗忘抛弃的流人了，他们也有了相应的权利与义务，需要遵守国家法律，能够受到军队保护。有了首都和中央政府，巴西终于获得了头脑与灵魂，结束了一盘散沙的状态。

多梅·德·索萨带去了六百名士兵和四百名囚犯。他们或举起武器捍卫领土，或操持工具建设家园。然而，这一千个人的价值却仅仅体现在身体与力量之上。对于巴西的命运而言，他们的重要性还不及六个衣着朴素、身穿黑袍的人。国王派他们随多梅·德·索萨一起，在巴西提供精神劝解及导引。这六个人带来了最珍贵的、也是这片土地和人民最需要的东西：他们传递了一个思想，并借此创造了真正的巴西。这六名耶稣会士怀着尚未偃息的最初活力；因为他们的教