个反动制度在台大无法推行。

有些人撰文攻击台湾大学优容共产党，说台大的这位、那位教师是“共产党分子或亲共分子”，傅斯年义正词严两次在报上著文反驳说：“学校不兼警察任务”，“我不是警察，也不兼办特工”。98

国民党政府下令大学一年级的新生都要读《三民主义》，傅斯年接任台大校长后则将之剔除；也不准国民党、三青团在校内公开建立组织。“像政治系萨孟武教授一直批评法统，撒布民主法治的种子……他的所言当然使当局头痛，但因傅斯年的关系，萨孟武还是可以一直教下去。不过傅死后党团进入校园，一切就改观了。”99

维护大学独立和学术自由的又一重要方面是拒绝权贵子弟可以降格入学。为此，他特地在校长办公室门上贴上一张字条：“有为子女入学说项者，请免开尊口。傅斯年”！100

这些言行，凸显了一个自由主义知识分子在国民党专制统治淫威下维护大学独立和学术自由的高大形象。与此同时，特别是经过思想改造运动以后，大陆的大学独立和学术自由被视为反动言论而横遭批判，学校“兼警察任务”司空见惯，国家和知识阶层的厄运也就开始了。

在逝世前不久，他给友人的一封信中谈到台湾大学时写道：“这一年半大学有惊人的进步……学校在一切环境下，尚能维持其应有之liberal tradition of universities（大学的自由传统）。虽然不是没有麻烦。”101 在当时的环境下，可以说是了不起的成就。台湾有家报刊写道：“傅斯年先生长台大两年的最大的成就，在保持了学术独立和尊严，扩大了研究空气……许多不学无术的党棍子，想混进台大，许多翻云覆雨的官僚政客想染指……两年来明枪暗箭，栽赃诬陷，就地打滚，集无耻之大成的各种手段，都对傅先生施用过，而傅先生英勇坚定，绝不为所动，贯彻自己的主张，且与这些丑恶势力对垒作战。”102 与那些巴结专制统治者唯恐不及的学术官僚相比，真有云泥之别。

学术自由是大学不可或缺的条件；但光有这一条也远远不够。傅斯年关注大学的另一焦点是如何保持高度的学术水准。在他看来，当时的大学远远没有达到应有的水准。为了解决这一问题，他提出了一系列精辟的见解：

1.办学思想上不能以功利主义为主宰。他说：不但清末的教育“以富强之目前功利为主宰”，而且“直到民国初年，大学只是一个大的学堂”。“今之大学制度仍不能发展学术，而足以误青年、病国家。”103 “若是把办学当作买卖做，尚不是最坏的；若当作走狗制造场，乃是乱国害