心情一落千丈，身心俱疲，忧郁成疾。偏偏源赖朝又逼迫源义经去讨伐叔父源行家，遭到严词拒绝后，源赖朝终下定决心铲除功高盖主的弟弟。

　　不久，武士土佐坊昌率领六十余骑突袭源义经住所，源义经仓促提刀迎战。叔父源行家及时赶来支援，土佐坊昌被俘，招供出是受源赖朝之命。源义经愤然之下决定起兵与兄长对抗，然未能取得源氏家臣的广泛支持。他自知失败不可避免，遂往西逃走，最后投奔了奥州镇守府将军藤原秀衡。藤原秀衡收留了源义经，并给予源义经父亲般的关怀，对于源赖朝要求逮捕源义经的要求，也坚决拒绝，不惜为此开战。

　　然天意弄人，几月后，藤原秀衡即因病逝世。尽管其人留下遗命，要求众子拼死保护源义经，但长子藤原泰衡抵不住镰仓幕府的强大压力，派兵攻打源义经所居高馆。源氏家臣奋勇应战，宁死不屈，留下许多悲壮惨烈的故事。源义经见事不可回，遂亲手杀死妻子乡御前和四岁女儿龟鹤御前，之后引刀自裁，时年三十一岁。

　　源义经爱妾静御前早先被源赖朝派兵捕获，彼时已怀有身孕，后产下一子，在源赖朝“男杀女活”的指示下，出生后不久即被溺死在海滨。

　　藤原泰衡因违抗父亲遗命，而与弟弟藤原忠衡不和。藤原泰衡竟杀死亲弟，但他自己也没有好下场，被老奸巨猾的源赖朝果断铲除。数代雄霸一方的藤原氏家破人亡，就此灰飞烟灭。源赖朝由此独霸天下，威风凛凛，成为日本有史以来权力最大的武士。

　　只不过天皇并不甘心成为傀儡，镰仓幕府末期，后醍醐天皇两次密谋倒幕，以恢复皇室权威，只是两次均遭惨败，连天皇本人也遭逮捕流放。

　　其后，日本倒幕运动此起彼伏。当时中国已是元朝统治。幕府派大将足利高氏前去平乱。足利高氏早已不满镰仓政权，途中倒戈，攻下了镰仓，镰仓幕府由此灭亡。

　　后醍醐天皇在足利高氏帮助下复位，为了表达感激，特赐足利高氏为足利尊氏。后醍醐天皇主政后，开始复古王政，只重用京都的公卿贵族，轻视武士，引来广泛不满。足利尊氏也想学源赖朝开设幕府，于是以武力迫后醍醐天皇退位，拥立新天皇光明天皇，这一政权被称为“北朝”。光明天皇封足利尊氏为征夷大将军，是为室町幕府之始。

　　后醍醐天皇被迫退位后，率领部分亲信逃亡大和的吉野[5]。由于他仍然持有天皇象征的三大神器，因而仍然被尊为天皇，这一政权被称作“南朝”。

　　足利