打扮成与儒学并不冲突的“科学”进行传教。1610年，利玛窦病逝于北京，本来按照朝廷规矩，是应该移葬澳门的，但万历皇帝也比较喜欢这个知识丰富的人，特意为利玛窦“赐葬”于北京。如今，利玛窦墓仍然保存在北京。

去世之前，利玛窦写了一部《中华传教史》，告诫后来的传教士：在中华帝国传教要遵守两个原则：尽量不要与官方正统的儒家思想相冲突，然后通过科学和文艺的方式传教。利玛窦自己总结为“驱佛补儒”“合儒超儒”，只有先让基督教成为儒家思想的重要补充和助手，替代佛教的地位，然后才有可能“超儒”——实现“中华大地的基督化”。万历之后，来大明的传教士基本上都遵守了这个原则，因此他们的成就也是不小的，传教一度传进了皇宫，崇祯皇帝在吊死之前，他的皇后就曾写信给罗马教皇，请求援助。

明朝灭亡了，大清并没有吸取朱元璋禁海带来的教训，因为他们暂时还没有发现封闭自守带来的巨大危害，禁海政策被自然而然地传承下来了，而大清还要对付流亡到台湾的郑成功王朝，于是又将禁海向前推了一步——迁海。朝廷曾经三次颁布迁海令，把沿海的居民全部迁往内地，沿着海岸线建立纵深30里的无人区，严防死守“郑氏逆贼”和“夷人”上岸。在入关前，满人正是大明口中的“夷人”，明军从荷兰人手中学习过来的“红夷大炮”，被清军缴获后，因“夷”字犯了他们的忌讳，改为“红衣大炮”，现在刚刚建国，别的没学到，封闭和僵化竟然比大明有过之而无不及！

而仍然在遵守着“利玛窦原则”的传教士倒是和大清朝廷保持着良好的关系。在1623年（天启三年），德国籍的传教士汤若望来到北京，帮助大明修订历法和为前线明军制造火炮。但清军入关时，汤若望又将他参与编纂的大明历法加以改造献给了多尔衮，多尔衮的人经过研究和验证后认为：这部历法“很科学”！命令在大清推广执行，汤若望也被任命为大清天文气象台台长（钦天监监正）。虽然我国自夏商时期就有自己的“农历”，但它与太阳年（即真正的“一年”的时间）还是有细微的差距，而汤若望修订的这部历法，是与太阳年完全相吻合的农历纪年法，从这个意义上说，我国现行农历的修订者，正是德国人汤若望！

汤若望还用自己的西医医术治好了孝庄太后侄女的病，孝庄对他很感激，认他为“义父”。1661年，顺治因天花病危，在确立皇位接班人时，孝庄特意派人征求“义父”汤若望的意见。孝庄喜爱聪明过人的皇三子，而汤若望认为未来的大清领导人必须是一个已经出过天花的皇子，而皇三子恰好已经出过天花，于是他的接班人之位就被确定了——这就是后来的康熙皇帝。后来，意图篡政的鳌拜还对汤若望进行过政治迫害，汤若望被捕下狱并判第二年凌迟处死！孝庄亲自出面救下汤若望。

1666年（康熙五年），汤若望病死于寓所，被安葬在利玛窦墓的旁边。1669年（康熙八年），康熙在扳倒鳌拜后，当即给汤若望平反，并任命汤若望的继承者、比利时人南怀仁继续担任钦天监监正，后来南怀仁去世，他又被安葬在汤若望墓的旁边。

总之，这一时期的传教士和大清的关系是极为融洽的，因为他们已经打入了高层。然而，就在融洽的关系在继续时，教廷内部却对“利玛窦原则”有了看法。他们认为，按照这种方式传教严重影响了基督教的纯粹性，特别是中国人好“讲礼”，把祭祀祖先和尊孔子为圣人当作传统，这就严重动摇了基督教最根本的教义“上帝是唯一的神”，这种“原则性问题”是不能够妥协的。于是1645年（顺治二年），罗马教廷在内部批准：禁止大清的基督徒祭祖和祀孔，反对“利玛窦原则”派占了上风。以这个禁令为起点，教会内部关于如何向中国传教的“礼仪之争”正式开始！

用我们现在的话来说，教廷的这个做法实在是“太官僚”了，利玛窦以他的亲身经历为后世的基督教传教士定下规矩，自然有他的道理，其实并不是一味妥协，而是为了解决在中华大地传教的首要问题——本土化。

为什么基督教一到中华大地就要碰到“本土化”问题？这是因为中华文化的核心——儒家思想对中华民族有着根深蒂固的影响，而老百姓头脑中的儒家思想又是一种与现实联系得比较紧密的“世俗化”的思想，用另一句话来说就是带有一点“功利性”。或许正是因为跟百姓们的现实生活联系紧密，中华文化如此根深蒂固又特色鲜明，以至于外来者提到“中国人”时，他们想到的不是一个种族的概念，而是一个文化的概念。中华文化对外来思想文化甚至是宗教的改造和同化能力都是非常强的，比如犹太教是世界上最牛的宗教之一，它在对外的传播过程中都是独立的，犹太人走到哪里都保持了他们民族的独立性，唯一的例外就是来到中国后。大约在宋时，犹太人来到中国，由于他们的饮食禁忌和回族相近，宋朝人误以为是回族的一支，称他们为“蓝帽回回”——而后来，这支在中国的犹太人真的被同化，最终变成回族一支。

当然，这种“本土化”的过程又是比较复杂的，我们还是拿佛教来举个例子吧。

佛教从印度传到中华大地时，一开始就面临着严重的困难，因为它的原旨教义和儒家思想严重对立。