勒，坚持所有教会都实行亚利安化而排除改宗的犹太人。甚至对那些不肯参加教会战争的胆小的新教徒来说，这也使他们觉得太过分了，因此缪勒主教被迫停止克劳斯博士的职务并表示不同意他的意见。

实际上，纳粹政府和教会之间的斗争，是一个由来已久的什么权限归君主和什么权限归上帝的斗争。就新教徒而言，希特勒坚决主张，如果纳粹党的「德国基督教徒信仰运动」不能使各新教教会在全国主教缪勒领导下趋于一致的话，政府自己就不得不来接管教会的指导工作。他始终对新教徒有一些轻视，新教徒虽然在他的信奉天主教的祖国奥地利只占极少数，在德国公民中却占了二/三。他曾向他的助手们说过，「对他们，你可以爱怎么办就怎么办。他们会屈服的——他们是不足道的小人物，像狗一样顺从，当你对他们讲话时，他们惶恐得汗流浃背」。他知道得很清楚，反对新教教会纳粹化的只是少数牧师和为数更少的教徒。

到一九三四年年初，幻想破灭了的涅穆勒牧师已经成为「明认信仰教会」和牧师紧急联盟中少数反对者的精神上的指导。在一九三四年五月在巴门举行的教议会全体大会上，以及在涅穆勒的耶稣基督教会十一月间在柏林郊外达伦姆举行的一次特别会议上，「明认信仰教会」宣称自己是嫡派德国新教，并设了一个临时的教会管理机构。这样，现在就有了两派，全国主教缪勒派和涅穆勒派，都自称是合法的嫡派新教教会。

很明显，这位前随军牧师尽管和希特勒很接近，却没有能够使各新教教会统一起来。一九三五年年底，秘密警察逮捕了七百名「明认信仰教会」的牧师以后，他辞去了他的职务，从此销声匿迹。早在一九三五年七月，希特勒就已经任命一个纳粹党在法律界的朋友汉斯·凯尔博士为宗教事务部部长，指示他作第二次努力，使新教徒统一起来。凯尔是一个比较温和的纳粹分于，而且是个多少还比较谨慎的人，他在开头取得了相当的成功。他不仅争取到了占多数的保守派牧师，而且还设立了一个以德高望重的佐尔纳博士为首的教会委员会来搞出一个总的解决办法，后者是一个受到各教派尊重的人。虽然涅穆勒的教会同这个委员会进行合作，但是仍坚持认为自己是唯一的嫡派新教教会。

一九三六年五月，它向希特勒提出了一个彬彬有礼、然而态度坚定的备忘录，抗议这个政权的反基督教倾向，指斥政府的反犹主义，并要求国家停止干预教会事务。纳粹内政部长弗立克却报之以残酷无情的行动。数以百计的「明认信仰教会」牧师被逮捕，备忘录的签名者之一威斯勒博士在萨赫森豪森集中营里被杀害，「明认信仰教会」的经费被没收，并禁止它收集捐款。

一九三七年二月十二日，佐尔纳博士辞去教会委员会职务，因为在这以前秘密警察不让他到有九名新教牧师被逮捕的卢伯克去。他抱怨说他的工作受到宗教事务部部长的破坏。凯尔博士第二天在向一群顺从的教士发表的演说中作了答复。他指斥这位德高望重的佐尔纳不能领会纳粹的种族、血统和土地的理论，他还清楚地显示了政府对新教教会和天主教教会的敌意。

（凯尔说）党站在积极性的基督教信仰的基础上，而积极性的基督教信仰就是国家社会主义——国家社会主义是上帝意志的实施——上帝的意志表现在德国人的血液里——佐尔纳博士和加伦伯爵（缪恩斯特的天主教主教）力图向我阐明，基督教信仰就是信仰上帝的儿子基督。这使我发笑——不，基督教信仰并不依靠使徒信条——真正的基督教信仰由党来代表，德国人民现在由于党，特别是由于元首的号召而具有了真正的基督教信仰——元首是新启示的先驱。

一九三七年七月一日，涅穆勒博士遭到了逮捕，被监禁在柏林的摩亚比特监狱里。六月二十七日他曾在达伦姆一向是座无虚席的教堂里向他的会众讲道，这次讲道终于成为他在第三帝国的最后一次讲道。好像他已预先感觉到将要发生的变故似的，他说，「我们和古时的使徒一样，想不到用我们自己的力量来逃避当局的权力。我们也同样不愿意在上帝要我们说话的时候，听从凡人的命令而保持沉默。因为情况是，而且必须继续是，我们必须服从上帝而不是服从人」。

他在监狱里关了八个月，一九三八年三月二日，在Sondergericht（特别法庭）上受审，这种特别法庭是纳粹为了审讯犯有危害国家罪的人而设立的。虽然他的「暗中攻讦国家」的主要罪名是被开脱了，但还是因「滥用讲坛」和在他的教堂里收集捐款而被判罚款二千马克和监禁七个月。因为他服刑已超过这个期限，所以法庭宣布把他释放，但是他在离开法庭时立即被秘密警察带走，置于「保护性看管下」，关在集中营里，先是在萨赫森豪森集中营，后又在达豪集中营里，在那里，他一直被关了七年，直到被盟军解放。

另外还有大约八百零七名「明认信仰教会」的牧师和教徒中的著名人士在一九三七年遭到逮捕，在以后的两年内更有数以百计的人遭到逮捕。如果说涅穆勒派的反抗没有被完全摧毁的话，它肯定是受到挫折了。至于大多数新教牧师，则像德国的差不多任何人一样，在纳粹恐怖面前屈服了。到一九三七年年底，汉诺威很受人尊敬的马拉伦斯主教经凯尔博士劝诱，发表了一篇公开