到广州后不久，何应钦提出辞职。李宗仁提名居正接任，可是立法院以一票之差将此否决了。李宗仁只好同意由阎锡山接任，当然很容易即被立法院通过。7月14日，蒋介石率国民党要员由台湾飞抵广州。立即召开国民党中常委会、中央政治会议联席会议，决定成立“中央非常委员会”，蒋介石以总裁的身分兼任非常委员会主席，李宗仁兼副主席。李宗仁清楚蒋介石的用意，是要“非常委员会”凌驾于政府之上，蒋介石可以直接控制政府。

　　失败己成定局，谁也挽救不了国民党的命运。当五星红旗在天安门广场升起的时候，中国人民解放军正发起广东战役。国民党政府决定迁重庆办公。面对这个失去首都的必垮的政府，这回没有一个国家的使馆再随之迁移。

　　面对败局蒋介石又提出“确保大西南”的方针，企图割据西南、建都重庆。10月10日，国民党政府人员迁到重庆，14日李宗仁也到达重庆。此时国民党中一部分人要蒋介石“复行视事”，李宗仁觉得自己仍是个摆设，11月初借口出外巡视，离开重庆，到昆明等地。在人民解放军兵临四川时，阎锡山在重庆电请蒋介石到渝。蒋介石于11月14日由台北飞抵重庆。当日，蒋介石电邀李宗仁来渝，李宗仁却于11月20日飞往香港。22日，国民党政府人员再迁逃成都。蒋介石派人再劝李返，李宗仁坚持不回，并于12月4日，举家飞往美国。

　　蒋介石目睹“确保大西南”方针没有任何希望了，于12月10日在成都登机飞往台北，从此再没有回过大陆。

　　桂系之所以在最后跟蒋介石的斗法中失败，原因很多。首先是李宗仁判断失误，他以为只要美国插手中国事务，共产党就不可能取得最后胜利，而依靠美国的帮助以为就能实现南北分治。但实际上，美国早已经准备从中国离开了，美国不会为国民党打仗，这已经是一个不用争论的话题了。如果李宗仁能够清醒地认识到这一点，他恐怕不会在最后关头，再与蒋介石交锋争“总统”之位了，因为这个位置已经没有几天的寿命了，除了过把瘾之外，没有任何实际的意义。

　　另外，李宗仁再次犯了前两次一样的错误，前两次逼蒋介石下野，但在财政、军事和外交上根本拿不出办法，以维持局面，最后还是要等蒋介石收拾。第三次下野，蒋介石虽然已经是败军之将，但他仍然控制国库黄金，控制最后的根据地——台湾，他虽然失去了美国的支持，但没有失去黄埔系、一帮文人政客的支持，而这两样桂系都不具备，在广西这个大本营被共产党占领之后，他连栖身之地也没有了，大陆不愿意呆，台湾不敢去，只好去了美国。

　　1950年2月4日，台湾《中央日报》发表社论，在抨击李宗仁婉拒返台的同时，呼吁蒋介石“绾领国事，统帅三军”。2月4日，“监察院”电质李宗仁，究愿返台，抑或辞职？并作出决议，提请“国民大会”予以弹劾。同日，国民党中央非常委员会部分委员联名致电李宗仁，明确提出：“同人等佥认为总统及统帅职权不可再事虚悬，政府更不容长此处于危疑莫定之境，如我公能于立法院集会以前命驾返台，主持国政，实为衷心所蕲；倘公届时实在不能返国，则同人等怵于时局艰危，群情望切，惟有吁请总裁依照中常会三十八年十一月二十七日临时会议之建议，继使总统职权，以维大局。”李宗仁不为所慑，于18日复电云：“余出院后，即准备返国，嗣据医嘱，身体尚未完全复原，不能于此时速作长途旅行。”21日，非常委员会再次向李发出最后通碟，坚持其必须于电到3日内返回台北，否则即以放弃代总统职守论，并要求蒋介石复任；非常委员会12名委员中的9名，在这项最后通碟上签了名，没有签名的3人是：蒋介石、李宗仁和孙科。隔2日，国民党第六届中常会第226次会议，复作促请蒋介石复行视事的决议，内称：“元首之位久虚，大计秉承无自，群情惶惑，险象环生……政府益陷于危疑莫定之境，全国军民、海外侨胞及各级民意机关，无不展望总裁尊重全民之付托，当机立断，复主中枢。”24日，“立法院”以全体委员的名义，电请蒋介石复行视事。

　　这些来自官方和民间的呼吁，当然都秉承了蒋介石的意旨。时至今日，蒋之复出已成不可改变的事实。

　　经过一番密锣紧鼓的准备之后，蒋介石于3月1日正式“复行视事”。是日上午10时，蒋着深黄色呢军服，佩青天白日勋章，左手提白色手套，右手执帽，由“总统府”秘书长邱昌渭、参军长刘士毅陪同，步入“总统府”礼堂，向在场的200余“民意代表”及文武官员宣读事先准备好的《复行视事文告》，内称：

　　中正许身革命四十余年，生死荣辱，早已置诸度外，进退出处，一惟国民之公意是从。际此存亡危急之时期，已无推诿责任之可能。爰于三月一日复行视事，继续行使总统职权。

　　出席此次仪式者，有“行政院长”阎锡山、东南军政长官陈诚，以及于右任、居正、陈立夫、张群、朱家骅、顾祝同等要员。仪式共历时8分钟，即告结束。蒋介石复至“总统办公室”，批阅由“秘书长”邱昌渭呈上的公文一件，以示确已复职。

　　蒋介石在复职后的第二天，于中山堂光复厅举行茶会，招待在台的“立、监