一部分人，但也激起了更广泛、更深刻的恐惧与仇恨，拉萨城内，固然有贵族慑于兵威而暗通款曲，但更多的僧侣和平民，包括一部分并非格鲁派信徒但对暴行反感的民众，则坚定了抵抗之心，拉萨城防在格鲁派紧急动员和部分世俗贵族支持下，进行了顽强抵抗。

顿月多吉的军队擅长野战和突袭，但在攻坚和维持占领区秩序上短板明显，面对拉萨军民的节节抵抗和越来越大的后勤压力、越来越孤立的处境，他的暴行使得军队难以争取到当地实质支持，他的攻势渐渐陷入僵局，他能够蹂躏乡村，威胁拉萨，却无法真正征服这片土地的人心，更无法建立起有效的统治。

雪域高原的局势，因为李自成这个意外闯入的势力被彻底搅乱了，固始汗开始蛰伏，顿月多吉暴戾而难竟全功，格鲁派在惊惧中坚守。

而李自成，则在青海湖畔默默地消化战果，他来这里倒不是为了和格鲁派以及图鲁拜琥争夺西藏、青海以及康区，而是为了休整发展势力，待三边局势有变时一鼓作气杀回去，但因为他的出现改变了原有历史进程，固始汗没能成功解决掉顿月多吉，再灭掉藏巴汗残余势力入主西藏，顿月多吉又拿不下拉萨，使得西藏的局势愈发的混乱。