想来想去，他终于决定，写一封密信。

　　这封密信的内容大致是说，我确实不知道上奏的事情，这事情皇上你不要急，自己拿主意就行。

　　客观地讲，申时行之所以说这句话，倒不一定是耍两面派，因为他很清楚皇帝的性格：

　　像万历这号人，属于死要面子活受罪，打死也不认错的。看上去非常随和，实际上极其固执，和他硬干，是没有什么好处的。

　　所以申时行的打算，是先稳住皇帝，再慢慢来。

　　事实确如所料，万历收到奏疏后，十分高兴，当即回复：

　　“你的心意我已知道，册立的事情我已有旨意，你安心在家调养就是了。”

　　申时行总算松了口气，事情终于糊弄过去了。

　　但他做梦也想不到，他长达十年的和稀泥生涯，将就此结束——因为那封密信。

　　申时行的这封密信，属于机密公文，按常理，除了皇帝，别人是看不见的。

　　可是在几天后的一次例行公文处理中，万历将批好的文件转交内阁，结果不留神，把这封密信也放了进去。

　　这就好比拍好了照片存电脑，又把电脑拿出去给人修，是个要命的事。

　　文件转到内阁，这里是申时行的地盘，按说事情还能挽回。可问题在于申大人为避风头，当时还在请病假，负责工作的许国也没留意，顺手就转给了礼部。

　　最后，它落在了礼部给事中罗大纮的手里。

　　罗大纮，江西吉水人。关于这个人，只用一句就能概括：一个称职的言官。

　　看到申时行的密信后，罗大纮非常愤怒，因为除了耍两面派外，申时行在文中还写了这样一句话：惟亲断亲裁，勿因小臣妨大典。

　　这句话说白了，就是你自己说了算，不要理会那些小臣。

　　我们是小臣，你是大臣？！

　　此时申时行已经发现了密信外泄，他十分紧张，立刻找到了罗大纮的领导，礼部科给事中胡汝宁，让他去找罗大纮谈判。

　　可惜罗大纮先生不吃这一套，写了封奏疏，把这事给捅了出去，痛骂申时行两面派。

　　好戏就此开场，言官们义愤填膺。吏部给事中钟羽正、候先春随即上书，痛斥申时行，中书黄正宾等人也跟着凑热闹，骂申时行老滑头。

　　眼看申首辅吃亏，万历当即出手，把罗大纮赶回家当了老百姓，还罚了上书言官的工资。

　　但事情闹到这个份上，已经无法收拾了。

　　经历过无数大风大浪的申时行，终究在阴沟里翻了船。自万历十年以来，他忍辱负重，上下协调，独撑大局，打落门牙往肚里吞，至今已整整十年。

　　现在，他再也支撑不下去了。

　　万历十九年（1591）九月，申时行正式提出辞职，最终得到批准，回乡隐退。

　　大乱就此开始。