成、满天星等部势力复振，趁机进攻陕北榆林、绥德一带。

五月，李自成、张天琳等部与官军作战于安定。官军大败，总兵俞冲霄被活捉处死，副总兵李成也被击毙。士卒被歼灭三千人。

可是当农民军乘胜进攻米脂时，不慎中了总兵贺人龙的埋伏，损失很大。又碰上大雨，无定河泛滥。不少农民军兵丁被洪水淹死，李自成、刘宗敏、张能等只剩下数百骑脱出险境。

就在这时，李自成的部将高一功带了一万多人从固原来，会师之后声势复振。李自成遂联合在陕北的其他各支农民军连续攻克延川、绥德、米脂。因为米脂是李自成的家乡，所以这次返里对当地群众是个有力的号召，李自成的亲朋故旧纷纷来投，使得他的实力迅速地恢复了。

因此可以这么说，先期回到陕西的农民军作战也是处于了下风。

而在崇祯九年的五月，见到愈演愈烈的农民军造反，朝廷的政策也有了一点改变。先是崇祯皇帝发布了《大赦山陕胁从群盗》的诏书，并且派出了奉命赍诏前往招抚的兵部职方司员外郎包凤起。

应该说，这个诏书在之后也起到了一定的作用，尤其是在农民军接连受到打击时。

而也是在五月，高迎祥部也难以在湖广立足了，他会合闯塌天、蝎子块部转入陕西兴安、汉中地区。而现在的湖广也只有张献忠这一营农民军在活动了。

由于高迎祥在农民军中名声卓著，他的部队的战斗力又最强，一场以围歼高迎祥部为主要目标的军事行动开始了。

河南明军在巡抚李仙凤的率领下，堵住农民军由陕西折回中原的路，而陕西巡抚孙传庭和三边总督洪承畴部官军，则充当围剿高迎祥部的主力。

而这时候的高迎祥部退入陕南山区之后，在荒山野岭无处觅食，人饥马乏。为摆脱困境，他决定走小路进攻西安，给官军来一个突然袭击。

但高迎祥选择的这条小路就是赫赫有名的子午谷。

在三国时，诸葛亮一出祁山时，魏延曾献策子午谷奇谋，就是要通过子午谷奇袭长安。而诸葛亮因为此计太险而否决了这个奇谋。当然，最后因为马谡失街亭而导致诸葛亮的一出祁山也失败了，之后就埋下了诸葛亮与魏延之间的矛盾，发生了等等等等的故事。

在后世，很多事后诸葛亮都说如果诸葛亮本尊用了子午谷奇谋的话，也许就会在一出祈山的时候一统三国了。不过从高迎祥的结局来看，说明诸葛亮的决定还是很正确的。没办法，诸葛一生唯谨慎嘛！

而孙传庭对此早有预料，所以他率领着贺人龙等部一万四千人，在闯王高迎祥必经之路——周至县黑水峪设置伏兵，准备以逸击劳。

可是贺人龙根本就是居功自傲，一点也不把孙传庭上任后编整出来的陕西新军放在眼里，导致了他与孙传庭的关系急剧恶化。只因为孙传庭需要贺人龙作为此次作战的主力，所以孙传庭才暂时忍住了这口气。

七月十五日，高迎祥领着部队果然到达了周至县黑水峪。孙传庭和洪承畴所部官军也跟踪而来，分别在十六日和十七日进抵周至，双方立刻展开了激烈的战斗。

身处绝境的农民军垂死挣扎，爆发出惊人的战斗力，于是在与官军的初战时告捷，击败参将李遇春部官军。

但是高迎祥部的处境却越发危急了。他们兵无粮草、身处绝地，整支部队的士气变得极其低落。

而这时候的洪承畴就施出招降的一手，对农民军进行了分化。而农民军中的不稳定分子乾公鸡张二、一斗谷黄龙等竟私下向总兵贺人龙接洽投降。

在第二天马召原的战斗中，他们利用雨后大雾，高迎祥下马张弓射敌之机，偷着把高迎祥的坐骑和部卒向南拉走。等到高迎祥发现这一阴谋时已经来不及了，只好脱下甲胄隐蔽在草丛里，不幸被官军俘虏。

高迎祥被擒的消息使明廷大为振奋，崇祯皇帝得意之极，令把高迎祥押解来京献俘，要陕西当局沿途拨兵严防，毋致疏虞。之后这位农民军的首领在北京城被凌迟处死。

而高迎祥的部下就由他的弟弟高迎登率领继续坚持战斗。但因军力损失太大，特别是失去了像高迎祥这样有威望的首领，士气大为低落。之后李自成被部将拥立承袭了闯王，终于成为了天下农民军名义上的总首领。

而随着高迎祥的被俘杀害，对于当时在陕西作战的农民军是一个重大的打击。首先就是掀起了一股投降风潮。当然，有的是真降，有的是诈降。

九月初，农民军的两位著名首领张妙手（即张文耀）、蝎子块（即拓养坤）由徽州和秦州（今甘肃省徽县和天水市）到凤翔，向明陕西当局乞求招安。陕西巡抚孙传庭亲自招抚，张妙手当场就率部投降，蝎子块也于次年三月至会城乞降。

而张献忠也趁机流窜到了襄阳以西，就地休整。他在襄阳江神庙立起一根五丈高的木杆，上系尺书大字于其杪，旗上写道：“吾欲见军门口话便事。”并送去书信一封。

而新上任的湖广巡抚苗胙土收到张献忠的书信，说是要见巡抚，惊喜异常。即刻派两位将官前往迎接，经过交谈，约定八月正式归降。苗巡抚信而不疑，又派出祝锡范等三人前往就有关事项进行具体磋商。农民军提出在江上增设浮桥，以便相互往来。苗答应照办，遂下令守城官兵打开城门，允许农民军入城做买卖。

于是农民军假装做买卖大批进入城内，守城官兵自然不行盘查，一一放行。苗为表示诚意，又下令城中官军尽撤弓刀炮矢，收缴入库，并说不要让人家怀