原对付农民军的名义统帅是七省督师丁启睿，但此公庸碌无能，任职以来毫无作为。崇祯皇帝任用孙传庭，实在是把他当成围剿农民军的中坚人物来看待的。

而丁启睿也没有辜负崇祯皇帝的“信任”，五月，丁启睿统帅的十八万大军几乎是全军覆没。而丁启睿在狼狈逃窜时竟把督师的敕书、印、剑也全都丢失一空。崇祯皇帝是愤恨不已，下令把丁启睿逮捕下狱，杨文岳也革职候代。左良玉虽然倡逃在先，由于他兵多势大，朝廷有所顾忌，只把另一总兵杨德政作个“法头例首”，予以处斩。

而在此时，大明朝可以动用的三支部队只有吴世恭的汝宁军、左良玉的楚军和贺人龙的秦军了。

而这三支官军的状况，都是武将拥兵自重，逐渐形成尾大不掉的局面，突出地表现为调动不灵。或者即便奉调而来，一遇劲敌就丢下督师的文臣各自逃命。尤其是这仨人都是骄横跋扈之辈，都不为朝廷所用。

贺人龙于崇祯十三年曾从四川“譟归”陕西，不肯为追剿张献忠、罗汝才部农民军卖命，后来两次随陕西总督出关都不战而溃，把朝廷的方面大员傅宗龙、汪乔年先后丢给了农民军。

左良玉在杨嗣昌督师时就不服调遣，丁启睿继任督师后对他更是一筹莫展。

至于吴世恭，那就更不用提了。

于是崇祯皇帝就知道，如果不能控制这仨人，根本就无法把农民军造反镇压下去。他遂决定分别采取措施，力图改变现状。

由于贺人龙问题更严重，崇祯皇帝就密令新任陕西总督孙传庭将他处斩，借以杀一警百。崇祯十五年四月间，孙传庭檄调各总兵会集于西安。在筵席上突然逮捕贺人龙，宣布罪状后立即斩首示众。接着部署善后事宜。以贺人龙部兵丁分隶诸将。提升贺人龙手下的农民军叛徒、也就是曾经与李自成的前妻私奔的“小白脸”——副总兵高杰为总兵，借以稳定军心。

于是孙传庭就把贺部万余人全部收作自己的标兵。而秦军的各路将领震慑于孙传庭的威严和名望，一时都还驯顺。

于是乎，秦军也就成为了当时大明朝唯一一支有着强大战斗力，而又听从朝廷调遣的主力部队。而崇祯皇帝对孙传庭的表现也十分满意，多次降谕嘉奖。并且把一举歼灭农民军主力的梦想全都寄托在孙传庭身上。

但是所有人都不知道，或者知道也不说透，秦军那强大的战斗力其实是大打折扣的。当年由洪承畴和孙传庭建立的强大秦军，被洪承畴带到辽东损失了一部分；因为孙传庭的入狱散失了一部分；因为郑崇俭的入狱被杀又流