任原职，南明弘光朝廷又任命原大学士王应熊为兵部尚书，总督川湖云贵军务，并赐尚方宝剑便宜行事。驻扎遵义，主持对张献忠作战。

崇祯十六年十一月，南明四川巡抚马干派副将曾英带兵攻陷重庆。接着。阁部王应熊会兵遵义，副将杨展、屠龙、莫宗文、贾登联等请复川南。并起甘良臣为总统，副以侯天锡、屠龙，合参将杨展。游击马应试、余朝宗所携溃卒。得三万人。接着于三月攻陷叙州，大西军损失一千余人。

同时，副将曹英、参政刘鳞长及部将于大海、李占春、张天相等，都受樊一蘅节制，有兵十余万。他们不断地向大西军发动攻击，想要恢复失地。所以在川南与川中形成了一条犬牙交错的战线，南明军队与大西军展开了你死我活的战斗。

穹源元年正月，全大山率兵九万。出兵四川。一入川，原大顺朝四川节度使黎玉田（原先是明朝辽东巡抚）、总兵马科（投降大顺后被封为怀仁伯）、副总兵马德、高汝利、石国玺等官将领着士卒一万多人归顺大平朝。接着。汉南副将胡向化所部士兵一万余人也归顺大平。未发一弹一矢，全大山部就来了一个开门红。

接着，接连失去了两支主力部队的贺珍，觉得大势已去，率残余的大顺军入川主力二万余归降大平军。这么一来，大顺军在四川的遗产就被全大山部全盘接受。而且这四万兵卒都是能征善战的老兵，再加上那些官员、将领都熟知四川的人文地貌，使得全大山部的四川战役就进行得更为顺利了。

而在此时，张献忠正率大西军主力在川南、川中地区，与南明的军队鏖战。南明参将杨展领兵复夺川南州县，率师北指，与张献忠的大西军主力激战于彭山的江口，张献忠大败，退回成都。

于是杨展由南面逼向成都。王应熊又派曾英为总兵，王祥为参将，联师进攻，阻挡大西军的东下。由于张献忠的大屠杀，导致以川军为主的南明军疯狂报复，他们也对沿途的“附逆”百姓也展开了大屠杀，四川民众再遭厄运。川中百姓何其苦也！

可是由于南下的大平军威胁大增，三月，为了北上抵抗大平军的南下，张献忠决定放弃成都。并尽杀其妻妾子女，一子尚幼，亦扑杀之。

并且张献忠还对孙可望说：“我亦一英雄，不可留幼子为人所擒，汝终为世子矣。明朝三百年正统，未必遽绝，亦天意也。我死，尔急归明，毋为不义。”

而张献忠这一疯狂的举动，也许是想要安抚孙可望这些义子之心，他要向孙可望他们证明：大西军的遗产将不会传给自己的儿子，而将