高效而透明的管理制度。

其优势显而易见：港口规模更大，设施更新，能同时停靠容纳更多的海船；更重要的是，几乎没有旧式吏胥层层盘剥、官员上下其手的空间。 海关部的税吏多为新招募或从北镇抚司系统调来的背景清白的干员，监管体系相对健全，税银征收后几乎能全额解送京师。

并且，新政规定，船主只需买海关签发的勘合文书，便可合法出海贸易，手续简便透明。这勘合文书之前规定至北京购买，但如今朱由检已将首都迁至南京，对于东南沿海的商贾而言，前往南京办理反而比远赴北京更为便利。

而恰恰是这“便利”，几乎将朱由检的海关税收拦腰截断。 商人们纷纷涌入南京，从海关部购买廉价的勘合文书，随后却并未选择北方的天津、金山新港，而是转头就驶向了更近、更熟悉的传统三港——宁波、广州、泉州。然而，朱由检此前秉持着“两条腿走路”、循序渐进的改革方针，并未同步裁撤这三处的旧市舶司。

这就导致了一个极其荒诞的局面：商人手持朝廷新发的合法证件，进入的却仍是那个腐朽不堪的旧系统。三港市舶司的官员胥吏岂会放过到嘴的肥肉？他们照样层层勾结，巧立名目，对过往商船课以重税、强收杂费，极尽敲诈勒索之能事，中饱私囊已成常态。巨大的贸易利润，绝大部分并未流入国库，而是肥了无数蛀虫的私囊。

此前因迁都事大，百事缠身，朱由检未能第一时间对三港动刀。如今，听着杨嗣昌的报告，眼看着本该属于自己的巨额税收就这样白白流失，皇帝的心头都在滴血。