在元、明两代，白莲教曾多次组织农民起义。流传到清初，又发展成为反清秘密组织，虽遭到清政府的多次血腥镇压，但到了嘉庆元年，白莲教大起义成为嘉庆年间规模最大的一次白莲教起义，前后持续了九年之多。

白莲教起义爆发于四川-达州一带，以王三槐与徐天德为首，迅速蔓延至陕西、河南和湖北边境地区。

起义军被清军围剿镇压，经数次激战，剩余起义军退入南山和巴山老林，后来起义军残部被清军陆续击破，起义被平定。

白莲教从始创到清朝中叶的几百年中，始终不被视为正统宗教而受崇拜，而是作为异教被排斥。

元明两代，农民群众曾多次利用白莲教的形式来动员、组织起义队伍，其中比较着名的有：

元末韩山童在江淮的起义；明初永乐年间山东的唐赛儿起义；嘉靖年间四川的蔡伯贯起义；天启年间山东的徐鸿儒起义；清朝乾隆中期山东的王伦起义。