户所，湘西设九溪卫。还有永定卫、辰州卫、黔江千户所等等。卫所设有卫指挥使、千户、百户等官员，在土家族地区周围建立起军事防御包围圈。

明廷在各地交通孔道。设关口，建隘口，以汉官、汉兵屯驻，或以土官、土兵把守。这种严密的军事防御与林立的关隘，不仅可以防止土家族人民的反抗，使其与汉族人民隔绝。实现“蛮不出境，汉不入峒”的限制，而且可以防止“土司出没”，加强对土司的控制。

土司与中央王朝之间，既互相依存。彼此利用，又矛盾重重，明争暗斗。土司是“自王其地”的土皇帝，与封建中央王朝在统一与割据的问题上，一直存在控制与反控制的斗争。每当中央王朝新旧交替，无力控制时，土司往往趁机起兵，力图摆脱控制，向外发展，扩大自己的辖区；当中央王朝控制过严时，土司也要起而抗命，反对控制。

满清入主中原后，李来亨、袁宗第、刘体纯、郝摇旗等领导的农民军转战湖广，组成“夔东十三家”，独立抗击清军，土家族人民随之投入夔东十三家抗清斗争的行列。

清顺治二年，十三家攻陷九溪卫，占据慈利县城。顺治三年，李来亨等自归州、兴山攻巴东县砦洞时，酉阳司武生白士眉联合忠路、沙溪各司土兵，攻陷彭水县城，与农民军相互配合。顺治四年，农民军攻陷施州卫，后又相继攻下建始、巴东、鹤峰、利川等县城。酉阳、忠路、唐崖、大旺等司土兵与农民军彼此呼应再度攻打彭水。上自川东，下至彝陵，都为农民军占领。

但有拥明的，便有附清的。比如永顺、保靖的土司彭朝柱便派遣舍把持册，前往辰州清军行营，向清朝统治表示归顺。并于顺治四年，击退明桂王部将王进才、马进忠所部，迫使王、马转移。

顺治十一年九月，李来亨部又进攻保靖，在酉水对岸扎营两个多月，保靖土司彭朝柱之子彭鼎纠集土兵万余人进行抵抗，农民军死伤数千人。顺治十四年初，刘体纯派王光兴部将刘宏昌等带领精锐士兵二千多人，其中“建始人多从之”，从巴东以北横渡长江，昼伏夜行，不到四天到达容美，将抗拒十三家的土司田甘霖全家擒获，后以金银数万作为赎金，田甘霖一家始被释放。

后来，督师文安之几经周折，含辛茹苦潜行群山到达鄂西，深入抗清农民军驻地，“依刘体仁（纯）以居”，与大顺军老将合作，共图抗清大业。当时川、鄂边境的各路武装“众犹数十万”，统称夔东十三家。其中主要是刘体纯、李来亨等领导的大