疑心，惹祸上身，又担心曹化淳嫉妒，于是恳求崇祯命曹化淳一同前去，崇祯也有点不放心，同意了吴孟明的要求。

　　当夜二更，曹化淳和吴孟明带领人马闯入陈宅，将陈新甲的妻妾、儿子和重要奴仆全数拘捕，逼他们道出收藏重要文书的地方，果然，在一口雕花樟木箱子里找到了全部密诏。

　　二人严密封好，连夜送往宫中。

　　崇祯支开二人和宫女太监，一封封捡看，心里悔恨交加，这的确是他的手迹，没想到陈新甲竟然还留了一手，简直是用心险恶！

　　接下来的一段日子，以首辅周延儒为首的诸多朝臣，上疏救陈新甲，毕竟局势已经烂到了极点，不仅对满洲无任何良策，中原又快速沦陷，值此国难之际，中枢易人，已经很为失计，倘再杀掉陈新甲，会使知兵的大臣从此寒心，视兵部为危途。

　　而且明眼人都能看出，对满洲和议是出自上意，陈新甲只是秉旨办事，随着局势的全面恶化，很多人认清了国家将亡的现实，连国都要没了，还谈何气节，已经不再认为和议是丧权辱国，倘若崇祯对陈新甲从轻发落，虽然仍会有言官上疏争论，却也左右不了大局。

　　问题是，崇祯痛恨陈新甲在疏奏中的奉旨行事，虽然奏疏被留中，随时可以销毁，可是让陈新甲活下去，就形同于默认了陈新甲确是遵照密旨行事，同时陈新甲还有可能道出事件的曲折经过，所以在朝议时，多数朝臣想救陈新甲，崇祯却反而下了杀心，此人留不得。

　　尽管刑部已经三次将定谳呈给崇祯，都没有定为死罪，按照《大明律》，不管如何加重处罪，陈新甲都没有可死之款，崇祯急了，将首辅周延儒、刑部尚书和左右侍郎、大理寺卿、都察院左右都御史召进乾清宫，地上跪了一片。

　　崇祯厉声问道：“朕原叫刑部议陈新甲之罪，因见议罪过轻，才叫三法司会审，不料你们仍旧量刑过轻，显然是互为朋比，共谋包庇陈新甲，置祖宗大法于不顾，三法司大臣如此姑息养奸，难道以为朕不能治尔等之罪？”

　　刑部尚书战栗说：“请陛下息怒，臣等谨按《大明律》，本兵亲自丢失重要城寨者可斩，而陈新甲无此罪，故臣等无法为陈新甲拟罪。”

　　崇祯大怒道：“胡说！陈新甲他罪姑且不论，他连失洛阳、襄阳，福王生死不明，襄王等亲藩六王被贼人杀害，难道不更甚于失陷城寨么？为何斩不得？”

　　左都御史辩说：“虽然宗室诸多连遭不测，但非本兵直接过错，还望皇上乞怜……”

　　崇祯没耐心听下去，将御案一拍，哼道：“不许尔等再为陈新甲乞饶，速下去按两次失陷藩封议罪，下去！”

　　首辅周延儒跪下道：“请陛下息怒，按律，敌兵不薄城，不至斩本兵……”

　　崇祯打断道：“连陷七亲藩，不甚于敌兵薄城？先生勿言！”

　　三法司大臣叩头退出，重新商议，虽然他们知崇祯决心要杀陈新甲，却仍希望有回心转意的奇迹，于是把陈新甲定为斩监候，呈报崇祯钦批，崇祯提起朱笔，批了立决二字。

　　京师臣民闻知此事，舆论哗然，于次日午日三刻，陈新甲于西市就斩，又过三日，陈新甲被斩的消息传到了临清。