战舰一艘，生擒52人，斩杀8人。次年正月，40艘战船运载着2000名明军官兵几乎在一夜间出现在荷兰人构筑的澎湖要塞前，并在荷兰人的炮火下抢滩登陆，发动了猛烈进攻。

　　荷兰人毕竟是一支惯战之师，他们收缩至风柜城，此地三面临海，只有一面靠陆。荷兰军队在陆路挖深壕为障，以战舰控制海上，凭借舰炮和岸炮的交叉火力，成功地阻止了明军的进攻。

　　见攻坚不下，明军也在澎湖筑石城，双方对峙，相互攻击。南居益亲至澎湖督师，指挥各处明军集结，最终在这个弹丸之地竟集结了一万余明军官兵和近200条战船。明军水师在澎湖港内遍设火船，攻击荷兰战舰，步兵在马公妈祖庙内架炮隔海轰击风柜城。

　　另外，明军以无数长宽各5尺、下铺圆木的巨型堡篮填碎石排列为阵，白天作为掩体休息或发炮，晚上则推着它们前进。荷军火炮对此无能为力。

　　同时南居益给新任荷军总司令发信，扬言再不走就用沙石填平澎湖湾。

　　荷兰人号称纵横七海，但他们从未遇到过如此猛烈的攻击，最后终于支撑不住，被迫在明军的监视下拆除了经营两年的澎湖要塞，灰溜溜地扬帆而去。