“欧洲军队”和重新武装西德的问题上有分歧。

在此期间，民主德国爆发了危机并改变了整个局势。6月16日，东柏林的工人举行了反对民主德国政权的示威活动。群众集会很快就演变为全国性的政治暴动；西柏林的人也成群结队地越过边界进入东柏林，加入到抗议者的行列。当局失去了对局势的控制。6月17日，苏联军队出动并很快驱散人群，恢复了首都的秩序；民主德国的形势也逐渐稳定下来。这是斯大林死后动摇苏联集团的首次严重的混乱。

起初，这些事件对苏联领导层及其在“新方针”问题上的共识，影响还不太明显。苏多普拉托夫在自己的回忆录中声称，即使在民主德国国内发生叛乱之后，贝利亚也“没有放弃德国统一的想法”。展示苏联的力量，“有可能只会增加苏联与西方列强达成妥协的可能性”。他把自己的特工派往西德与那里的政治家秘密接触。同时，索科洛夫斯基元帅及其副手、高级专员谢苗诺夫，还有帕维尔·尤金（Pavel Yudin），给苏联领导层呈送了一份有关此次暴乱的详细报告，并对乌布利希提出了尖锐批评。苏联驻德管制委员会的领导层建议，解除乌布利希德意志民主共和国副总理职务，“让他专心”于党务工作，同时必须取消总书记职位，缩小党的书记处的规模。

最后这条建议恰好触及克里姆林宫内部权力斗争的实质，而这种斗争即将迎来其关键时刻。1953年5月底，时任中央委员会书记处负责人的尼基塔·赫鲁晓夫判定：贝利亚太危险了。他怀疑这位秘密警察头子正准备在他的背后捅刀子并削弱党的书记处的地位——那可是赫鲁晓夫的权力基础。还有迹象表明，贝利亚正背着赫鲁晓夫在国内的苏共政治斗争中采取行动。赫鲁晓夫意识到，他必须对贝利亚动手了。这种想法有可能是在5月27日主席团讨论民主德国问题之后产生的。最后，就连马林科夫也流露出自己对贝利亚的恐惧并加入到反对他的阴谋之中。

6月26日，贝利亚在部长会议主席团会议期间被捕。这一事件深刻地改变了克里姆林宫内部的权力平衡。赫鲁晓夫声称自己是贝利亚下台的英勇的组织者。包括军方在内的苏联精英都为他欢呼，将他视为摆脱恐怖岁月的救星。在7月为谴责贝利亚而召开的苏共中央全会上，赫鲁晓夫得意扬扬地宣布，党的机构的重要性在国家的官僚机构尤其是秘密警察机构之上。当时仍是政府首脑的马林科夫郑重宣布：他永远不想成为头号人物，苏联将永远实行“集体领导”。

驻德国的苏联官员继续送来报告，指责乌布利希及其统治机器在暴动期间缺乏政治勇气和主动精神。然而，这样的批评在苏联领导层内部再也得不到赞成和支持了。赫鲁晓夫尊敬乌布利希，相信他是个好同志。更重要的是，赫鲁晓夫和莫洛托夫公开反对有关“统一而中立的德国”的想法，说它是贝利亚的阴谋。赫鲁晓夫宣布，贝利亚“在德国问题上是个内奸，而不是共产主义者，当他为向西方让步而建议放弃社会主义建设的时候，他就暴露了自己的嘴脸。我们要问他：那样做是什么意思？那是要把1800万德国人交给美国人。而在美国人和我们之间，怎么可能会有一个中立的、民主的资产阶级德国呢？条约如果没有武力的保障，它就什么也不是，而且所有人都会嘲笑我们，嘲笑我们的天真”。出席全会的苏联党政精英，大多都对赫鲁晓夫的话拍手称赞。他们多数都经历过战争，而且和赫鲁晓夫一样强烈地感到，在“资产阶级”基础上去统一德国，将会葬送1945年的胜利。其他人则认为，由于东德在苏联军工综合体中的作用，它对于苏联集团来说意义重大。苏联原子弹工程的负责人阿夫拉米·扎韦尼亚金（Avraami Zaveniagin）代表该工程对全会说，“在德意志民主共和国提炼的铀是很多的，也许不少于美国人所掌握的”。他谈到了苏联对来自下萨克森维斯穆特铀的依赖性。

风向的转变对于苏联在民主德国的政策立即产生了影响。在苏联的对外政策方面，莫洛托夫的影响力与日俱增，而贝利亚在德国以及南斯拉夫和奥地利问题上的倡议则被自动否决并取消。政治局坚决拒绝苏联驻德管制委员会当局的建议，认为替换乌布利希并使党的书记处脱离国家事务的建议“不合时宜”。在莫洛托夫看来，“谢苗诺夫变得右倾了”。察觉到形势有变的乌布利希立即对其国内对手进行无情的打击。社会统一党政治局委员鲁道夫·赫恩施塔特（Rudolf Hermstadt）和威廉·蔡斯勒（Wilhelm Zeissner）在暴动期间赢得了苏联管制委员会的高度赞扬，而且在霍普·哈里森看来，“如果不是受贝利亚事件的干扰，[他们]可能就把乌布利希赶下台了”。然而，在这种新气候下，苏联领导层却支持乌布利希有关罢免他们的决定，因为他们，尤其是蔡斯勒，是贝利亚的人。

在东德发生叛乱期间，美国人的行为也是克里姆林宫政策转变的原因之一。一方面，美国利用此次叛乱大做文章，为东柏林人提供食品，并强烈要求把“自由选举”作为德国统一的先决条件。另一方面，美国和其他西方大国最终并没有动用武力去拯救东德人。即使西方的确像有些苏联分析家很快将宣称的那样，准备对民