地区的德军开始停止了全面推进并筹划进攻克里木半岛的战事；而远东的东北军也开始忙着清剿无处不在、无孔不入的苏军游击队以及在占领区内开展热火朝天的“打苏其、分田地”的运动。获得了短暂时机的苏联政府开始抓紧时间喘息，催促各个工业区超负荷地进行军火生产工作以及各地征集军粮的事宜，备战区集结被打散了的部队，努力恢复元气。面对着各前线部队全面溃败的恶劣表现，情急之下的斯大林决定以最严厉的处罚手段来惩戒他认为严重失职的高级将领，以期在全军能起到“杀一儆百”的作用。

首先，大发雷霆的斯大林便下令逮捕并枪毙因为新西伯利亚南部战役的严重战败而让斯大林本人都恨得咬牙切齿的巴甫洛夫大将，以及中亚军区东方方面军的总参谋长克利莫夫斯基中将、通讯主任格里戈里耶夫少将、方面军下辖的第四十五集团军司令员切尔尼亚克上将、第四十六集团军司令员列谢利泽中将、第四十七集团军司令员巴罗诺夫中将、第13扫克师师长佩尔

霍罗维奇少将等19将级高级军官。斯大林指示道：“我批准这个判决不要延误！立刻照办！不许他们上诉！然后用命令的方式通告全军，对于打了败仗、丢了国土的人，我们是绝不手下留情的！”

接着，原先的那些在远东军区、贝加尔军区、东西伯利亚军区以及东欧各大军区吃了败仗的苏军高级将领纷纷都被押送到莫斯科进行“秋后算账”。第6步兵军军长阿列克谢耶夫中将、第30步兵军军长谢利瓦诺夫中将、总参军事学院系主任梅利耶夫中将、红军通讯部部长戈皮奇少将、西方方面军副总参谋长戈鲁什科维奇少将、第27集团军总参谋长罗曼诺夫少将、列宁格勒方面军副总参谋长谢马什科少将、第4坦克师师长波塔图尔切夫少将等等等等一大批苏联红军的高级将领纷纷落马。这些人有的被长期关押在劳改营做苦力，有的能幸免一死得以重返前线将功赎罪，有的则倒在了行刑队的枪口下，他们大部分人的家属也全部被驱逐流放。

苏联红军军事运输局的莫斯克温少将在一次运输军械弹药的工作中出现了失误，立刻被斯大林下令革职，并降为列兵送往西伯利亚前线。当天晚上，莫斯克温便被游荡在黑夜中的东北军第333狙击步兵师的狙击手给一枪狙杀——几名押送莫斯克温上前线的士兵在临走前习惯性地向他敬礼，因此东北军的狙击手误以为实际上已经成为列兵的莫斯克温其实是身穿士兵服的苏军高级将领。

人心惶惶的气氛在苏联红军上下蔓延着，整个苏维埃政权岌岌可危、摇摇欲坠。