，没有像约翰·霍金斯那样的激进改革家能够对他施加影响，因此在他接过无敌舰队的指挥权后，那些本来还未架设高层建筑的船只，也都被里斯本港口的木匠添加了船楼。

由于梅迪纳·西多尼亚争取来的准备时间，以及他对西班牙各行政部门施加的影响，无敌舰队在很多方面都受益匪浅。刚进入 3 月时，头盔、胸甲、长枪、短枪、滑膛枪和火绳枪储备全都严重不足，可是到 4 月底，各项供应均已达到计划要求。火药的配额几乎增长了一倍，也许是听取了那位意大利炮兵专家的建议，所有火药都是“滑膛枪的火药”，由精细的颗粒组成。最重要的是，大型火炮所需的加农炮弹得到了更为充足的供应，故而每门炮都能发射 50 轮次。结果证明，这个数字依然远远不够，但是与圣克鲁兹曾经盼望达到的每门炮发射 30 轮次相比，显然已有大幅提升。

即使如此，公爵的影响和全力干涉却未能在其他一些方面改善舰队的状况，甚至难以阻止状况继续恶化。许多船只存在的问题过多，已经超出了人力可能矫正的极限。在港口每多待一周，就意味着全体船员要多消耗一周的粮食，为此库存要不断地加以增补。更糟糕的是，肉、鱼和饼干最初存入木桶时，是为了原计划中上年 10 月的起航而准备的，因此迟至 5 月开启时，即使是以最宽松的标准衡量，也已经难以食用了。最坏的一点还在于人员的耗损。虽然船上没有爆发真正意义上的瘟疫，但是每过去一周，死亡名单都会加长，再加上士兵和水手们缺衣少食，又领不到薪俸，每个礼拜都有人逃跑。梅迪纳·西多尼亚的确筹措到了更多的经费，逃跑人数在 12 月达到峰值后，也终于在来年的 3 月到 4 月迎来了回落。至少在表面上，被迫丢下犁铧的农民填补了死去兵士的岗位，可是训练有素的海员却实在无法顶替，早在上年 11 月，圣克鲁兹就已经在抱怨海员的不足了。到了 4 月，人员缺口变得更加严峻。同样令人不安的还有专业炮兵的稀缺。而大型火炮，尤其是长重炮的不足，则更为舰队上下笼罩了一层阴影。

但无论心中还存有多少疑虑，梅迪纳·西多尼亚明白，他不能再继续对国王的焦躁置若罔闻了，何况在留给他不多的时间里，靠小修小补所能发挥的作用也已十分有限。4 月 25 日，他前往里斯本大教堂，在圣坛上为远征求取了一面受过祝福的旗帜，这宣告了起航