朝再度发生战争，拉藏汗进攻拉萨，罢免并诱杀第悉桑结嘉措。

1706年6月28日，拉藏汗杀桑结嘉措后，更与康熙皇帝决定同时废黜第六世达赖喇嘛仓央嘉措，重新选定阿旺伊西嘉措为六世达赖，得到康熙的册封。此举激怒了拉萨的僧侣，他们在哲蚌寺齐集保护仓央嘉措。

然而，当拉萨汗的部队炮轰哲蚌寺时，为阻止喇嘛们的惨重伤亡，仓央嘉措选择自愿受缚。之後，押解至北京。

按官方资料记载，仓央嘉措于同年11月15日北上途中死于青海湖附近公噶瑙尔。另一说，仓央嘉措在押解途中逃脱，曾现身藏东南，后前往藏南、拉萨、蒙古，并在蒙古阿拉善隐居直至1746年去世。

1709年清康熙四十八年，清朝廷派遣侍郎赫寿前往喇萨，办理西藏事务 。

此为朝廷派遣大臣驻藏办理政务之始，但仅为临时派员，未成定制。

1713年，清朝政府正式授予五世班禅喇嘛金印、金册，确定班禅和达赖的同等地位，“互为师”，谁大谁为师。

1716年，准噶尔部派兵入侵西藏，攻打拉萨。1717年准噶尔汗国新可汗策妄阿拉布坦入侵青藏地区，灭和硕特汗国，并且占领拉萨。

清军多次被准军击败，最後於1720年由胤禵率军驱除成功，协助达赖七世入藏，以拉藏汗旧臣管理藏区，这是清朝经营青海、西藏地区之始。

雍正时期

雍正时期，平定青海亲王罗卜藏丹津之乱後，雍正帝又在西宁与拉萨分置办事大臣与驻藏大臣以控管青藏地区。

1718年，清朝由青海路出兵入藏攻打准噶尔军队，不过全军覆没。1720年，清政府派兵护送七世达赖回藏。同年，後西藏向清政府求援，清朝第二次出兵才赶走准噶尔军。清朝和准噶尔军在吐鲁番方面也有战斗。清政府从此在西藏驻军。

1724年，清军击败准噶尔。1727年雍正五年正月，清世宗派遣内阁学士僧格、副都统马喇驻喇萨，“与达赖喇嘛、康济鼐、阿尔布巴等和衷办事” ，并设立驻藏大臣衙门。自此，朝廷派驻藏大臣二员办理西藏事务。