阿尔布开克对新货币的细节极其关注，这体现了他性格的复杂性：他是一位务实而思维灵活的行政管理者，对当地条件高度敏感，能够在新的框架内思考新的解决方案；但同时他也盲目自信，自负到了令人难以忍受的程度，因此造成了许多问题。辅币的正面有字母A，“以显示铸币的人”，[7]这很有争议。就是这种傲慢的举动，让他的政敌有了嚼舌根的材料，并为在葡萄牙的谣言火上浇油，称总督要把果阿变成自己的私家采邑。

殖民地管理工作的最初阶段肯定是摸着石头过河，不可能不犯错误。起初狄摩吉被任命为收税的长官，这注定要招致两个居民群体的不满，于是不得不更改他的职权范围。另外，尽管阿尔布开克承诺宗教宽容，他对“萨蒂”，即寡妇殉夫自焚的习俗感到憎恶，明令禁止。他的基督教使命感及其执拗的性格也使得他草草下令处死了一些引发骚乱的人。

在这期间，来了两名使者，一名来自沙阿伊斯玛仪一世[8]，即波斯的什叶派统治者，另一名来自阿尔布开克的老对手，霍尔木兹的瓦加·阿塔。他们都是来找阿迪尔沙阿，求他帮忙对付葡萄牙人的。他们发现阿迪尔沙阿已经没了踪影，而阿尔布开克盘踞在果阿，于是大感困惑。但阿尔布开克看出与伊斯玛仪一世合作是一个战略机遇，因为后者是逊尼派马穆鲁克王朝的死敌。他提议与伊斯玛仪一世联合行动。葡萄牙人将从地中海和红海攻击马穆鲁克王朝，沙阿则从东方发动进攻。“如果上帝应允，这项盟约能够缔结，你就能够以全部力量攻打开罗和苏丹的土地，而我主国王陛下可以进军耶路撒冷，从另一侧征服整个国家。”[9]这就是实现曼努埃尔一世梦想的机会。阿尔布开克派了一位使者去见沙阿，送去了这个建议，还给霍尔木兹的傀儡国王送去了一封好言安抚的书信，建议双方都既往不咎。被选为使者的倒霉蛋鲁伊·戈梅斯未能抵达波斯，而是在霍尔木兹被瓦加·阿塔毒死了。

总督在果阿的行动表现出极大的紧迫性。他深知这座城市的防御不足，而且年轻的阿迪尔沙阿迟早会卷土重来，索要他那宝贵的贸易港口。因为缺少石灰，没有办法制作砂浆，所以修理城防工事的工程受到很大困扰。他们不得不用石块和泥浆来重建城墙。他知道时间紧迫，于是派遣许多组劳工不分昼夜地轮流加紧施工，巩固防御，以应对可能的进攻。总督日夜都在工地上督促。他决心不惜一切代价守住果阿。但到4月时，葡萄牙人的情绪开始焦躁不安。很多葡萄牙贵族并不赞同总督的设想。雨季快到了，远方传来消息，阿迪尔沙阿正在组建一支强大的军队。由于阿尔布开克的严刑峻法，葡萄牙人与当地居民的关系有些恶化，他的一些船长开始私下里渴望返回科钦。如果不能尽快离开，就会被瓢泼大雨困住，不得不等待一个漫长的季节，甚至可能遭到围攻。很显然，敌人最喜欢的策略就是等待暴雨和糟糕的海况将葡萄牙人孤立，使其无法得到外界援助。阿尔布开克毫不动摇：果阿属于并将永远属于葡萄牙。

事实上，到4月时，阿迪尔沙阿就成功镇压了他国内的叛乱。阿尔布开克不知道的是，阿迪尔沙阿还和敌国毗奢耶那伽罗达成了停战协定。他已经准备好利用雨季困住葡萄牙人了。这个月，他派遣将领帕卢德汗率领一支大军（据说有四万人，言过其实了），而且是来自伊朗和中亚的训练有素的武士，去驱逐入侵者。这支军队抵达曼杜比河沿岸时，迅速击溃了狄摩吉匆匆拼凑的部队。隔着狭窄的溪流和充斥鳄鱼的大河，果阿岛上的守军已经看得到一支大军的帐篷和旌旗了。很显然，果阿岛的整个周长约18英里，将会把阿尔布开克的兵力分散得很稀薄，他们不得不守卫所有的沼泽渡口，因为在退潮时那些地方可以供敌军通行。帕卢德汗越过潟湖发动了一系列佯攻和试探性攻击，让葡萄牙指挥官们大为警觉、神经紧绷。他还给果阿城内的穆斯林偷偷送信。城里的人于是开始逃跑，并加入伊斯兰军队。帕卢德汗在等待天气进一步恶化。

一天，守军在紧张不安地凝视着分隔两军的狭窄小溪对面时，看到一个人走到水边，挥舞白旗。他用葡萄牙语喊道：“葡萄牙的大人们，请派人来与我谈话，传达我给总督送来的消息。”[10]一艘小艇被派出。此人自称是葡萄牙人，名叫若昂·马沙多，请求安全护送他去见阿尔布开克。

马沙多是十年前被留在斯瓦希里海岸的一名犯人，此时为阿迪尔沙阿效力，但他似乎对自己的同胞还有一些好感。他带来了有价值的建议。他传达的消息很简单。帕卢德汗的军队很快会得到阿迪尔沙阿本人的增援。雨季即将到来。葡萄牙人应当在一切都变得不可收拾之前离开岛屿；还要把沙阿的驻军逃跑时被留下的女眷和孩子归还苏丹。沙阿希望与总督保持友好关系。作为回报，他将给总督提供另一个滨海的地点，以建造一座要塞。

这包含威胁、利诱和劝说对方理智行事的言辞。阿尔布开克对其不予理睬，他不愿意和对方谈条件。他骄傲地回答道：“葡萄牙人咬住的，永远不会松口。”[11]他也不会归还“任何儿童或妇女，他要把这些妇女留下当作葡萄牙人的新娘，并希望她们成为基督徒”。[12]阿尔布开克固执己见的谈判风格让大家很是震惊，但这已经不是第一次了。