序在战场上运动，在正面对垒中将队形松散的穆斯林散兵逼退到城墙下。葡萄牙人组成了“秩序井然的方阵……队形紧密，长枪黑压压地伸出，举着八面团旗，战鼓齐鸣、吹奏笛子”。他们以密集队形缓缓前进，“用许多火枪不断射击，枪是这一年从葡萄牙运来的”。[22]阿尔布开克预见到了未来的战争形式，但它不受贵族们的欢迎。由炮火而不是攀爬城墙来决定战局，严重地违反了中世纪军事文化的精神。很多葡萄牙人希望猛冲进城、大肆洗劫，而不顾这种战术可能造成的无谓伤亡。阿尔布开克抵制住了这些人的坚决反对，与敌人进行投降谈判。根据协定，所有穆斯林及其家眷均可安全撤离。其他的一切——火炮、马匹、武器，必须留下。穆斯林将被安全地送过河，但只能带走他们身上穿的衣服。只有一个问题：沙阿的军队里有一些葡萄牙和其他基督教国家的叛教者，这些人必须被交出来。穆斯林将军非常不愿意交出这些人，因为他们已经皈依了伊斯兰教。最后，双方达成了协议。阿尔布开克同意饶恕这些叛教者。

穆斯林安全撤离了，没有受到伤害。阿尔布开克信守了关于叛教者的诺言：他饶了他们的性命。但仅此而已。这些俘虏被关在囚笼里一连三天。大家讥笑他们，向他们扔泥土，拔掉他们的胡须，以示羞辱。第二天，叛教者的鼻子和耳朵被割掉；第三天，他们的右手以及左手拇指被砍断。然后，他们的伤口被包扎起来。很多人死了，幸存者则“非常耐心地忍辱负重”，说“他们的严重罪孽理应受到更严酷的惩罚”。[23]阿尔布开克不断演化的战术如同外科手术，节约人力和时间，但受到了很多人的憎恶。他的敌人散播谣言，称他接受了敌人的一大笔贿赂，因此纵虎归山，让敌人逃走，将来还能再战。事实上，阿尔布开克相信自己无须杀掉所有敌人。他认识到，贝纳斯塔里姆是整个果阿岛的关键所在。他重建了贝纳斯塔里姆的要塞，重组了其他所有渡口的防御，将岛屿严密地封锁起来。葡萄牙部队继续操练。他知道，果阿已经永久性地成为葡萄牙王室的财产了。现在，只有科钦和坎纳诺尔的那些反对他的派系才能够危害果阿。

第二次击败阿迪尔沙阿之后，葡萄牙在亚洲成为一支强大的力量。在1510年葡萄牙人第一次占领果阿的时候，一位科钦商人就宣称：“总督转动了钥匙，把印度进献给他的国王。”[24]他说的“印度”指的是东印度的沿海贸易。葡萄牙人的微弱力量当然不足以直接威胁印度次大陆的主要强国比贾布尔和毗奢耶那伽罗，但葡萄牙人如今成了印度政治的一个参与者。阿尔布开克天才地认识到了果阿的战略意义，它是两个互相争斗的强国之间的裂纹线，是比卡利卡特或科钦优越得多的商业枢纽。最关键的是，他如今控制了波斯的马匹贸易。从霍尔木兹运来马匹的船只被他的战船引导到果阿，商人及其珍贵的货物都得到了极好的待遇。每年有一千匹马通过果阿岛；葡萄牙王室从中获取了巨额利润，约为300%至500%。

阿尔布开克是自亚历山大大帝以来第一个在亚洲建立帝国霸业的欧洲人。他那雪白的长须和令人生畏的严峻面容，使得印度洋各地的人对他产生了一种迷信的敬畏。在马拉巴尔海岸，他们把当地的一种鱼命名为“阿方索·德·阿尔布开克”，并将其用于魔法咒语。他的孟加拉敌人诅咒他是“印度巨犬”。他运用自己的聪明才智，去理解印度洋错综复杂的商业和帝国竞争——印度教徒与穆斯林、什叶派与逊尼派、马穆鲁克王朝和波斯人、毗奢耶那伽罗和比贾布尔、霍尔木兹和坎贝、卡利卡特和科钦之间的争斗，以及第乌的马利克·阿亚兹狡黠的生存策略。阿尔布开克带着精明敏锐投入了这场政治游戏，分而治之，利用其中一派去对付另外一派，同时保持冷静，不抱幻想。他不信任协定和友谊的保证，因此在给曼努埃尔一世的信中清楚地介绍了印度洋外交的现实：

陛下的目标是控制他们的贸易，并摧毁麦加贸易，那么他们竭尽全力去阻止您，您还会感到震惊吗？……陛下觉得可以用好言相劝、和平提议和保护来留住他们……但唯一让他们尊重的，就是暴力。我率领一支舰队抵达的时候，他们第一件事情就是查清楚我有多少人、什么样的武器。如果他们判断无法战胜我们，就和和气气地接待我们，诚实守信地与我们做生意。如果他们觉得我们很弱，就拖延搪塞，准备做出我们无法预测的反应。若是没有军事支持，我们不能和任何国王或领主建立盟约。[25]

所有人都不得不应对新的现实：葡萄牙的势力将在亚洲长久存在。1512年年底，各国使臣蜂拥来到果阿，向葡萄牙人致敬邀宠。阿尔布开克渐渐认清了穆斯林在印度洋的广泛分布，并务实地认识到是不可能将其全部消灭的。为了消灭马穆鲁克王朝，他也开始巧妙地寻求与敌视马穆鲁克王朝的伊斯兰权贵合作。毗奢耶那伽罗和比贾布尔都非常需要马匹贸易，他就借此操纵它们。他与古吉拉特的穆斯林苏丹建立了关系，并派遣另一位使者，米格尔·费雷拉，去拜见波斯的沙阿伊斯玛仪一世；这位使者比他的前任幸运。扎莫林似乎终于接受了葡萄牙人将在印度长久盘踞的现实，送来了和平建议，并允许他们建造一座要塞。阿尔布开克接受了，