马睿虽为皇帝，但实权多掌握在王氏兄弟手中，这种格局既是东晋得以建立的基础，也为日后的政治动荡埋下了隐患。

司马睿在位期间（317年－323年），东晋政权面临着内忧外患的严峻形势。

外部，北方陷入“五胡十六国”的战乱之中，匈奴、羯、氐等少数民族政权虎视眈眈，不断侵扰东晋边境；内部，南北士族之间的矛盾、侨姓士族之间的权力争夺、中央与地方藩镇的冲突交织在一起，政权根基并不稳固。

面对如此复杂的局面，司马睿在王导等人的辅佐下，采取了一系列措施，艰难维系着东晋的统治。

在政治上，司马睿延续了王导提出的“清静为政，抚绥新旧”的治国方略。

他一方面继续重用南北士族，平衡各方势力，避免内部冲突；另一方面，完善官僚制度，恢复西晋时期的中央官制与地方行政体系，加强中央对地方的管理。

为了缓解财政压力，他推行“土断”政策的雏形，试图整理户籍，规范赋税制度，将南迁的侨民纳入当地户籍管理，增加财政收入。

但由于士族势力的抵制，这些措施并未得到彻底推行，效果有限。

在经济上，司马睿重视农业生产，鼓励垦荒。

当时南方地区地广人稀，大量北方流民的南迁带来了先进的生产技术和劳动力，司马睿下令减免赋税，安抚流民，鼓励他们开垦荒地，发展农业。

同时，他支持兴修水利，改善灌溉条件，促进了江南地区的农业发展。

在商业方面，建康作为东晋的都城，逐渐发展成为南方的经济中心，南北贸易、中外贸易逐渐恢复，为东晋政权的稳定提供了一定的经济基础。

在军事上，司马睿虽然无力组织大规模北伐，但也采取了一些防御措施，抵御北方少数民族政权的南侵。

他任命祖逖为奋威将军、豫州刺史，让其率领部曲北伐。

祖逖是北方南迁士族中的杰出代表，他自幼胸怀大志，“闻鸡起舞”的典故广为流传。

祖逖北伐得到了北方流民的响应，他率军收复了黄河以南的大片土地，威震北方。

但由于东晋朝廷内部对北伐态度不一，祖逖得不到足够的支持，最终忧愤而死，北伐功败垂成。

除了抵御北方入侵，司马睿还需要应对内部的藩镇割据问题。

当时，王敦手握重兵，镇守荆州，逐渐滋生异心，对中央政权构成了严重威胁，这也成为司马睿在位后期面临的最大危机。

在文化上，司马睿重视儒学教育，延续了西晋的文化传统。

他下令设立太学，征召名儒讲学，培养人才；同时，鼓励文人着书立说，保存文化典籍。

北方士族的南迁，不仅带来了先进的生产技术，也带来了中原地区的文化艺术，与江东本土文化相互融合，促进了江南文化的繁荣。

这一时期，书法、绘画、文学等领域都取得了显着成就，为后世南朝文化的发展奠定了基础。

东晋建立后，“王与马共天下”的格局逐渐失衡。

王敦凭借着拥立之功和手中的兵权，日益骄横跋扈，不把司马睿放在眼里。

他自恃功高，垄断地方军政大权，排斥异己，甚至干预中央朝政，与司马睿之间的矛盾日益尖锐。

司马睿对王敦的专权早已心怀不满，试图削弱王氏的势力。

他重用刘隗、刁协等心腹大臣，让他们担任尚书仆射、御史中丞等要职，参与朝政，以牵制王导；同时，他暗中扩充中央禁军，任命谯王司马承为湘州刺史，经营长江中游，作为抵御王敦的屏障。

刘隗、刁协等人也积极为司马睿出谋划策，推行了一系列抑制士族特权的政策，触动了以王氏为首的门阀士族的利益，进一步激化了与王敦的矛盾。

永昌元年（322年），王敦以“清君侧”为名，在武昌起兵反叛，率领大军顺江而下，直逼建康。

王敦的反叛得到了部分士族的支持，军队进展迅速，很快就抵达建康城外。

司马睿派刘隗、戴渊率军抵御，但东晋中央禁军战斗力薄弱，根本不是王敦军队的对手，很快就战败溃散。

刘隗出逃北方，刁协被杀害，建康城陷入一片混乱。

王敦攻入建康后，放纵士兵烧杀抢掠，控制了朝政。

他诛杀了戴渊、周顗等反对自己的大臣，逼迫司马睿任命自己为丞相、都督中外诸军事，集军政大权于一身。

司马睿作为皇帝，却被叛军控制，毫无实权，眼睁睁看着自己信任的大臣被杀害，朝政被王敦把持，内心充满了屈辱与愤懑。

王敦之乱后，司马睿的皇位虽得以保留，但已形同傀儡。

他深知自己无力改变局势，昔日的雄心壮志早已化为泡影，加之长期的精神压抑，身体日益衰弱。

永昌二年（323年），司马睿在抑郁中病逝，享年四十七岁，在位六年。

他死后，太子司马绍即位，是为晋明帝。

司马睿的一生，是充满矛盾与无奈的一生。

他作为西晋皇族远支，在天下大乱之际，凭借着隐忍的性格、王导的辅佐以及南北士族的支持，在江东重建晋室，使华夏文明得以延续，其功绩不可磨灭。

但他又受制于门阀士族，始终未能摆脱“王与马共天下”的束缚，最终在王敦之乱的打击下抑郁而终，未能实现收复中原、重振晋室的夙愿。

司马睿作为东晋的开国皇帝，历史上对他的评价褒贬不一。

《晋书》评价他“性简俭冲素，容纳直言，虚己待物”，肯定了他隐忍克制、善于纳谏的性格特质