部尚书公孙邃再度进攻舞阴，被陈显达率军击溃，仓皇逃窜。

永明六年（488年）四月，桓天生又引魏军占据各城，陈显达命游击将军曹虎督军讨伐。

齐军前锋朱公恩途中击破桓天生游军，进围各城。

桓天生引魏步骑万余人驰援，被曹虎击败，损失两千余人，隔城被齐军攻克，襄城太守帛乌祝被斩，魏军再遭重创。

魏军随后在醴阳筑城固守，陈显达率军攻拔该城，继而进攻批阳，激战十余日未能攻克，反遭魏守将韦珍夜袭，被迫领军南还。

尽管未能彻底肃清魏军残余势力，但陈显达在数次北伐中屡挫强敌，有效遏制了北魏的南侵势头，保卫了南齐西北边境的安全。

永明八年（490年），陈显达进号征北将军，后迁侍中、镇军将军，加中领军，永明十一年（493年）又出任使持节、散骑常侍、都督江州诸军事、征南大将军、江州刺史，获赐鼓吹一部，权势日隆。

延兴元年（494年），南齐政局发生剧烈动荡。

雍州刺史、晋安王萧子懋欲举兵推翻专权的萧鸾，暗中拉拢驻防襄阳的陈显达。

陈显达审时度势，果断将其密谋密报萧鸾，立场鲜明地站在萧鸾一边。

萧鸾大喜，任命陈显达为车骑大将军，调萧子懋为江州刺史。

陈显达路过襄阳时，萧子懋试图挽留，提出“欲将二三千人自随”，陈显达以“大违敕旨，其事不轻”为由拒绝，断绝了萧子懋的念想。

同年七月，陈显达跟随萧鸾诛杀齐帝萧昭业，拥立萧昭文为帝（海陵王），萧鸾出任骠骑大将军、录尚书事，控制朝政。

八月，陈显达被任命为大司马，封护国公，增邑千户，获准甲仗五十人入殿。

十月，萧鸾废黜海陵王，自立为帝，是为齐明帝。

陈显达因拥立之功升任太尉，侍中如故，册封鄱阳郡公，邑三千户，加兵三千人，获赐油络车，达到人生权力的顶峰。

齐明帝在位期间，猜忌心极重，尤其忌惮高帝、武帝的子孙。

永泰元年（498年）正月，明帝患病，见高帝、武帝子孙日益长大，而自己诸子年幼，常叹息道：“我及司徒诸子皆不长，高、武子孙日益长大”，欲除之而后快。

他密告陈显达此意，陈显达劝说道：“此等岂足介虑”，试图打消明帝的念头，但明帝最终还是与始安王萧遥光联手诛杀了十位宗室王。

陈显达虽未直接参与，但在这场血腥清洗中选择了明哲保身，其政治处境也愈发微妙。

在此期间，北魏多次南侵，建武二年（495年），陈显达被任命为使持节、都督西北诸军事，往来于新亭、白下之间，张大声势，震慑魏军，为保卫京畿立下功勋。

永元元年（499年）正月，已届七十二岁高龄的陈显达奉命率平北将军崔慧景等部四万大军北伐，企图收复被北魏攻占的雍州五郡。

北魏孝文帝元宏派遣名将元英领兵抵御，陈显达率军奋勇作战，二月间屡破魏军，进围马圈城（今河南镇平南）。

马圈城地势险要，魏军坚守不降，陈显达指挥齐军展开猛攻，历时四十天，城中粮草断绝，守军饥疲不堪，只得“食死人肉和树皮”。

魏军被迫突围，陈显达率军追击，俘虏数以千计，成功攻克马圈城。

随后，陈显达又派军主庄丘黑进攻南乡（今河南渐川西南），顺利攻克，北伐形势一片大好。

然而，北魏孝文帝元宏闻讯后，亲自率领大军南征，进抵梁城（今河南临汝西南），与陈显达军形成对峙。

当时崔慧景领兵攻打顺阳（今河南淅川南），遭太守张烈顽强抵抗，久攻不克。

孝文帝派遣振威将军慕容平城率骑兵五千增援顺阳，同时命广阳王元嘉领兵切断均口（今湖北均县丹江入汉江之口）交通，截断齐军退路。

陈显达率部众退至均水西岸，占领鹰子山构筑工事，此时齐军因后路被断，军心震恐沮丧，与魏军交战屡战屡败。

北魏武卫将军元嵩身先士卒，免胄陷阵，魏军将士奋勇冲杀，齐军大败，军主张千战死，陈显达在军主崔恭祖、胡松的保护下，用乌布幔遮盖，以担架抬着沿分碛山小道经均水口仓皇南逃，此役齐军损失三万余人，北伐以惨败告终。

陈显达素有威名，为魏军所忌惮，此次兵败后，御史中丞范岫乘机上奏请求免去其官职。

陈显达本就心生退意，也上表请求免职，但齐帝不许，还下诏安慰道：“昔卫青、霍去病出塞，往往无功，冯异、邓禹入关，有时馈丧。况公规谟肃举，期寄兼深、见可知难，无损威略。方振远图，廓清朔土。虽执宪有常，非所得议”。

陈显达又请求降职，仍未获准许。事实上，此时的陈显达早已身处险境。齐明帝在位时，他因是高、武旧将而“内怀危惧”，常乘坐朽破的车子，随从仅选十几个老弱病残之人，以此自贬避祸。

一次宴饮中，他曾抚枕感叹：“臣年衰老，富贵已足，唯欠枕枕死，特就陛下乞之”，恳请辞官归乡，却未被明帝批准。

王敬则反叛时，始安王萧遥光曾怀疑陈显达会趁机响应，启奏明帝欲追军还朝，只因王敬则迅速被平定才作罢，此事让陈显达更加惶惶不可终日。

永元元年七月，齐明帝病逝，皇太子萧宝卷继位，是为东昏侯。

明帝遗命徐孝嗣、始安王萧遥光、萧坦之、江祏等七人辅政，军国大事托付陈显达，并在死前六天任命他为江州刺史。

然而，东昏侯生性残暴，即位后大杀