际掌握东晋军政大权。刘裕开始实行以追杀桓玄为由头大肆攻伐沿途门阀世家豪门。

任命徐羡之尚书库部郎、常驻建康。任刘穆之为尚书录事与徐羡之一起稳定北府军后方。

刘裕为中军由檀道济为帅，沈田子，王镇恶为大将，朱龄石为先锋沿途追击桓玄。由此拉开了刘裕独有的改革方式，南方门阀的恶梦开始了。

桓玄率禁军裹挟晋安帝出建康，首站直扑京口——侨姓门阀郗氏的“北府兵发源地”。他以“北府兵需随帝护驾”为由，强征郗氏私兵3000人，且要求郗氏交出府库中半数粮草。郗氏宗主郗僧施以“私兵乃宗族屏障”拒命，暗中联络诸葛氏合兵守城。桓玄假意谈判，趁夜派精锐伪装流民偷袭城门，破城后以“谋逆护驾”为名，屠郗氏核心族人200余口，焚烧郗氏坞堡，诸葛氏援军刚至城外便遭桓玄伏兵截杀，首领诸葛长民（历史上刘裕部下，此处提前激化矛盾）仅率数骑突围。刘裕尾随部队次日入城，以“安葬名士、抚恤流民”为名收编郗氏残余部曲，接管京口兵源地。