、大学士、吏部尚书祁寯藻等重臣，都以“一品大员，用刑宜慎”为由，主张免何桂清一死。特别是主持审理此事的祁寯藻，坚持认为何桂清罪不至死。他甚至针对主张杀何桂清的一派人说：“国人皆曰可杀，臣亦国人，未敢谓其可杀。”但何桂清的政敌、此时因对太平天军作战连连得手而越来越走红的曾国藩，却坚持主张杀何桂清以谢国人。他说：“疆吏以城守为大节，不宜以僚属一言为进止；大臣以心迹定罪状，不必以公禀之有无为权衡。”

桂清统领十万清军竟弃城潜逃，导致常州、常熟、苏州皆失守，咸丰下诏革职逮捕送北京审讯。凑巧遇英法联军，咸丰帝避难热河，何案搁置两年。期间王有龄及江苏巡抚薛焕等相继上疏乞恩，不准。