崔长文说：“朝廷的官爵，竟然送给贼寇，他们想干什么！”元文都等人也怀疑王世充想献城响应宇文化及，从此双方产生矛盾，但表面上还互相掩饰，假装友好。

秋季，七月，皇泰主派大理卿张权、鸿胪卿崔善福给李密送信，说：“今日之前的恩怨，都一笔勾销；使者到后，彼此要坦诚相待。国家政务的重任，等待您辅佐；征伐的大权，委托您指挥。”张权等人到达后，李密面向北方接受诏书。既然没有了西边东都的顾虑，李密就调动全部精兵向东攻打宇文化及。李密知道宇文化及的军粮快耗尽，就假装和他讲和；宇文化及非常高兴，让士兵随意吃喝，希望李密能送粮食给他。恰逢李密手下有人犯罪，逃到宇文化及那里，把李密的计谋全说了出来，宇文化及大怒；而他的军粮也已耗尽，于是渡过永济渠，和李密在童山脚下交战，从辰时打到酉时；李密被流箭射中，落马昏迷，随从四散逃跑。追兵即将赶到，只有秦叔宝独自保护他，李密因此得以脱险。秦叔宝又收拢士兵，奋力作战，宇文化及才撤退。

宇文化及进入汲郡征集军粮，又派使者拷打东郡的官吏百姓，逼迫他们交出粮食。王轨等人无法忍受他的暴虐，派通事舍人许敬宗到李密那里请求投降；李密任命王轨为滑州总管，任命许敬宗为元帅府记室，让他和魏征一起掌管文书。许敬宗是许善心的儿子。房公苏威在东郡，跟随众人投降李密，李密因为他是隋朝大臣，虚心礼遇他。苏威见到李密，却不谈隋朝的危难，只再三叩拜，说“没想到今天还能见到圣明君主”，当时的人都鄙视他。

宇文化及听说王轨叛变，非常害怕，从汲郡率军想夺取北方各郡，他的将领陈智略率领一万多岭南骁果军，樊文超率领江淮地区的排矟兵，张童儿率领几千江东骁果军，都投降了李密。樊文超是樊子盖的儿子。宇文化及还剩下两万部众，向北逃往魏县；李密知道他成不了气候，就向西返回巩洛，留下徐世积防备宇文化及。

七月初二，宣州刺史周超攻打朱粲，打败了他。

七月初四，梁师都侵犯灵州，骠骑将军蔺兴粲打败了他。

突厥阙可汗派使者归附唐朝。当初，阙可汗归附李轨；隋朝西戎使者曹琼占据甘州引诱他，阙可汗就转而归附曹琼，和曹琼一起抵抗李轨；后来被李轨打败，逃到达斗拔谷，和吐谷浑互相呼应，到这时归附唐朝，唐高祖对他厚加安抚。不久，阙可汗被李轨消灭。

薛举进逼高墌，流动的军队到了豳州、岐州，秦王李世民深挖壕沟、高筑营垒，不与薛举交战。恰逢李世民得了疟疾，把军事事务托付给长史、纳言刘文静和司马殷开山，还告诫他们说：“薛举孤军深入，粮草少、士兵疲惫，如果他们来挑战，千万不要应战。等我病好后，再为你们打败他。”殷开山退出后，对刘文静说：“秦王担心我们不能胜任，才说这话。而且贼寇听说秦王生病，一定会轻视我们，我们应该显示武力威慑他们。”于是在高墌西南列阵，仗着人多而不设防备。薛举暗中派兵偷袭他们的后方，七月初九，双方在浅水原交战，八位总管都战败，士兵战死的有十分之五六，大将军慕容罗睺、李安远、刘弘基都被俘，李世民率军返回长安。薛举于是攻克高墌，把唐朝战死士兵的尸体堆成高台示众；刘文静等人都因罪被除名。

七月十二日，榆林贼帅郭子和派使者来投降，唐高祖任命他为灵州总管。

李密每次打胜仗，就派使者向皇泰主报捷。隋朝官员都很高兴，只有王世充对部下说：“元文都这帮人，不过是些舞文弄墨的小官，我看他们的势头，一定会被李密擒获。而且我们的士兵多次和李密交战，很多人的父兄子弟都战死了，一旦我们隶属于李密，我们这些人就活不成了！”他想借此激怒部众。元文都听说后，非常害怕，和卢楚等人谋划趁王世充入朝时，埋伏士兵杀了他。段达生性懦弱，担心事情不成功，派他的女婿张志把卢楚等人的计谋告诉了王世充。

七月十五日夜三更，王世充率领军队袭击含嘉门。元文都听说变故，进宫侍奉皇泰主到乾阳殿，部署士兵自卫，命令众将关闭城门抵抗。将军跋野纲率军出城，遇到王世充，下马投降。将军费曜、田阇在门外交战，失利。元文都亲自率领宫中警卫士兵，想从玄武门出城偷袭王世充的后方，长秋监段瑜声称找不到宫门钥匙，拖延了很久。天快亮时，元文都率军想从太阳门出去迎战，回到乾阳殿时，王世充已经攻下太阳门进城了。皇甫无逸抛下母亲和妻子儿女，砍开右掖门，向西逃往长安。卢楚藏在太官署，被王世充的党羽抓获，带到兴教门，见到王世充后，王世充下令把他乱刀砍死；接着进攻紫微宫门。

皇泰主派人登上紫微观，问王世充：“你带兵来想干什么？”王世充下马谢罪说：“元文都、卢楚等人蓄意谋害我；请杀了元文都，我甘愿接受法律制裁。”段达于是命令将军黄桃树把元文都抓起来送给王世充。元文都回头对皇泰主说：“我今天早上死，陛下傍晚也会遭殃！”皇泰主痛哭着送他出去，元文都到兴教门后，像卢楚一样被乱刀砍死，他和卢楚的儿子们也都被杀死。段达又以皇泰主的名义下令开门，让王世充进城，王世充派人替换了所有宫中警卫，然后到乾阳殿拜见皇泰主。

皇泰主对王世充说：“你擅自杀人，却不向我奏报，这难