外布满，加以同类洋船丛集，安知不交通生事？乞饬早为禁绝，毋使滋蔓。”官员们的上疏有中国人和外来宗教格格不入的原因，而且还与外国传教士参与了中国宫廷里的政治阴谋有关。葡萄牙传教士穆经远就卷入了康熙末年皇子夺位之争，他毫不犹豫地支持了雍正的政敌，同时，其他的外国传教士暗地里支持了雍正的另一个政敌。于是，1723年，即位的雍正皇帝正式下令驱逐洋教徒，将各省传教士遣送澳门或“暂令在天主教堂居住，不许外出行教，亦不许百姓入教”，“其天主教堂改为别用。”——教堂被改成了祠堂和粮仓。已经入教的中国教民被勒令弃教。到了乾隆四十九年，即1784年，中国皇帝下令对全国的传教士进行大搜捕，于是，在中国传教的外国传教士一时间都成了“游击队员”，他们在帝国政府的严厉打击中，靠着坚定的信仰“赖”在中国就是不走，继续从事秘密传教活动。不时有传教士被抓到并且被处决的消息传出，这些事件在嘉庆年间发展得最为严重，被西方宗教史称之为“中国教难”。在帝国政府的捕杀下，外国传教士们仍“凛然”地传播着“上帝福音”，至1840年时，中国的天主教徒已经有30万人之众——他们中绝大多数是中国最偏僻地区中最贫苦的农民。

不可否认的是，外国传教士在中国的传教活动，其中有传播现代科学知识的内容，对推动中国现代文化教育产生了一定的影响。中国的第一家翻译出版机构，就是由英国传教士麦度恩在上海设立的“墨海书馆”，翻译出版的书籍中除了宗教书籍外，还有大量的自然科学书籍，如1853年出版的《数学启蒙》、1855年出版的《博物新编》，这些书籍在中国中下层知识分子中产生过极大的影响。时人有诗云：“车翻墨海转轮圆，百种奇遍宇内传。”中国第一份中文期刊《察世俗每月统计传》也是由英国传教士创办的，而传教士们在中国国内出版发行的第一份中文报纸是《蜜蜂华报》。中文报刊的主要阅读对象是中国人，其内容多为宣传宗教教义，但同样也大量介绍着西方最新的科学技术成果。传教士们为了在中国广泛传教，还特别注意对上层官员的靠近，大量翻译了西方诸如“兵工学”等实用技术著作，对推动后来中国的“洋务运动”起到了不可低估的作用。外国传教士在中国开办了许多学堂，这些被中国人称之为“教会学堂”的教育机构学费异常低廉，甚至免费吸收大批中国的穷苦孩子，中国现代的许多知名人士都曾就读于教会学堂。传教士在中国开办了很多医院，这是在中国最受欢迎和最受争议的举动。教会医院以免费就诊的实惠和西医的惊人疗效，在极度缺乏医疗条件和技术的中国逐渐被国人接受。美国传教士伯驾在广州开设的医院以治疗白内障而名声大噪。传教士们还开设了不少社会慈善机构，比如孤儿院、养老院等等。无论是设立教育机构还是医疗慈善机构，除了“帮助他人”的宗教情绪之外，最主要的目的还是要和中国人拉近距离，达到发展中国教徒以及符合本国其他利益的最终结果。这一点，传教士们并不掩饰，美国传教士伯驾曾经在他创办的“中华医药传教会”的宣言中明确地说：

本会的宗旨……是要鼓励在中国人之间行医，并将赐予我们的科学、病例调查和不断鼓舞我们的发明等有益的知识提供一部分给他们分享……我们希望，我们的努力将有助于推倒偏见和长期以来所抱的民族情绪的隔墙，并以此教育中国人，他们所歧视的人们是有能力和愿意成为他们的恩人的……我们称呼我们是一个传教会，因为我们确信它一定会推进传教事业……利用这样的一个代理机构，就可铺更高处的道路，赢得中国人的信任和尊重，它有助于把我们同中国的贸易及其一切来往置于更向往得到的地位上，也可为输入科学和宗教打开通道。（《中国丛报》1838年5月）

1840年，第一次鸦片战争以中华帝国的失败结束，这是外国势力依靠大炮打开中华帝国大门的一年。从此，外国传教士在中国的传教活动又一次公开并且合法化了，因为，标志着战争结束的条约中明确写有这样一条：允许外国传教士在中国内地自由传教。

据说，这一条本来是“允许外国传教士在开放口岸自由传教”，但是，形成正式文本的时候，中国官员们发现“开放口岸”改成了“中国内地”。这是翻译人员做的手脚，在和洋人谈判的时候，在帝国官员和洋人之间担任翻译的都是传教士——也只能是传教士。

来到中国执行“上帝旨意”的外国传教士们把在这块土地上传教的种种困难都想到了，但是，他们忽略了一个最重要的现实：绝大部分中国人在他们生存的深层意识中根本不需要耶稣和天主。西方的宗教与中国的文化传统和思维定势风马牛不相及。更令中国人气愤的是，在外国洋枪洋炮林立中国海岸的背景下，对中国道德伦理一知半解的外国传教士，在中国内地的地方事务中逐渐拥有了相当的特权：他们不受中国法律的约束，享有“治外法权”和“领事裁判权”；他们在中国土地上触犯了法律，只有他们的“领事”才有权“按照他们的法律”进行处理。对中国国情不甚了解的外国传教士很快就学会了中国的等级制度，他们和帝国的官员一样也分成若干等级，开始与帝国的官员