要职务，会使众人不服气，白白增加工作阻碍。而且如果过早地透露出“家天下”的图谋，不但使岛内反对势力增加，而且也使标榜资本主义民主自由概念的美国主子不悦。为了既让蒋经国迅速掌握大权，而又能够掩饰耳目，让其先从事特务工作是最好的选择。

　　1949年7月，蒋介石在高雄召开秘密会议，准备在台湾布置特务网络，成立了“政治行动委员会”，指定郑介民、蒋经国、唐纵、毛人凤、叶秀峰、张镇等人为委员，由唐纵做召集人。该机构的基本任务就是：“统一情报工作，并使之充实强化。”

　　蒋介石在台湾初步稳定下来之后，很担心组织结构混乱的特务系统会出现纰漏，决定成立一个统一组织，以统领特务。根据这个意见，成立了“台湾情报工作委员会”，由彭孟辑担任领导。该机构负责协调党、政、军、群各特务机构。后来又成立了直接属于台湾当局的“总统府资料室”，该资料室由蒋经国负责。至此，原来蒋介石在大陆时期的两大特务系统中统和军统，宣告结束历史使命。

　　为了便于协调和指挥，蒋经国重新将各个情报系统的工作范围予以明确。与此同时，蒋介石还要求其他政府部门必须配合情报工作。20世纪50年代初，蒋经国手下的特务系统工作人员已经达到5万多人，蒋经国遵照蒋介石旨意，为“台湾存亡的必要，实施铁腕政策，只要行动可疑，经人检举，一概列入危险分子，格杀勿论”。

　　台湾的特务机构在蒋经国的掌握下，权力无边，无所不能，可随时插手政治、经济、军事和文教等各个领域。上自国民党高级官员，下至平民百姓，他怀疑到谁的头上，谁就倒霉。当时有很多人早晨还在家，晚上就可能失踪，可能被监禁。

　　蒋经国领导特务系统神通广大，也引起台湾很多人的反感，当时的省主席吴国祯就是反对最激烈的。当时，蒋经国抓的人，很多是吴国祯直接领导下的，小蒋抓人根本不与吴商量，与吴矛盾冲突很大，但蒋介石始终偏袒蒋经国，使堂堂台湾省主席都无可奈何，这也是吴后来与蒋经国闹翻，出走美国的一个重要原因。

　　特务权势很大，但他们所干的杀人放火的事情毕竟名声不好，背后有很多人议论，对以后蒋经国上台执政势必造成障碍。蒋介石自己也是知道这一点的，他采取偷梁换柱的办法。当时台湾全省特务系统名义上的最高长官是彭孟辑，他承担了特务的骂名，主动为蒋经国承担错误。当时实际上的控制者蒋经国，只是“总统府资料室”主任，一般人不知道他是最大的特务头子，这一秘密保持得如此之好，就连省主席吴国桢也不知道其中奥妙，遇到事情大骂彭孟辑，而彭也乐于为蒋经国担罪，只好一脸苦笑听骂。当台湾局势好转之后，蒋介石有意识地让蒋经国从特务系统抽身。1954年，台湾恢复“国防会议”组织后，蒋经国向蒋介石建议组织“国家安全局”代替所有特务系统机构，蒋介石立即答应，蒋家父子通过设置新的特务机构，加强了对台湾军事、政治、经济领域的控制，同时也使蒋经国脱身，而免遭众人诟病。

　　控制了特务系统之后，就剩下了军队，蒋介石戎马生涯几十年，深知道军队才是命根子，只有军队支持，才能够让蒋经国安全接班，但蒋经国对军队工作可以说是先天不足。蒋经国在苏联的时候，虽然也参加过军事训练，但对于如何带兵打仗实在是外行，他在军队中也没有干部系统可以依靠，虽然在赣州训练了很多干部，但这些干部大都是笔杆子，拿不起枪杆子。为了让蒋经国控制军队，老谋深算的蒋介石决定从军队的政治工作系统着手，使蒋经国插入军队系统。

　　国民党军队仿照苏联红军模式，在军队设置政治工作系统，专门负责灌输反动政治理论，进行政治动员的组织。对政治工作，蒋经国是陌生的，他在台湾政坛的第一个明确公开的职务是“国防部政治部”（后改为“总政治部”）主任，为二级上将。从军衔来看，蒋经国可以说是火箭般上升的速度，当时他还没有打过一次仗，就成为二级上将，而像戴笠这样的人，到死的时候也只是少将，最后才追认为中将。当时国民党军中很多人不服气。当时的空军“总司令”周至柔晋升为一级上将的时候，众人都来祝贺，谁知道周满腹牢骚地说：“现在连老百姓都可以当上将，我在沙场拼了几十年命才升了这么一个一级上将，想想也没有什么可喜欢的！”不言而喻，这是说给蒋经国听的。

　　蒋经国知道军队派系复杂，非常讲究论资排辈，自己辈分低，进入军队不能操之过急。他充分利用自己的政治手腕，逐渐在军队站稳脚跟。

　　首先，蒋经国虽然为二级上将，但他从来不穿军服上班，也不在公众场合突出自己的上将军衔，这种谦隐的态度，逐渐赢得了军队中“老一辈”好感。

　　其次，蒋经国知道自己对军事是外行，他索性也不充当内行，凡是涉及军事上的问题，他总是依靠军队专业人员，自己不越轨，不擅权，尽量不触犯军队人员的利益。他管军事但却不管军队，这看起来矛盾，但蒋经国将其处理得很好，他只抓军队中人的工作，主要是抓干部。1952年，蒋经国开始筹划建立政治工作干部学校，任命自己在赣州训练的干部胡伟克、王升担任校长。训练的学生全部充实到部队之中