宁夏，与吉鸿昌二战宁夏城后被马鸿奎收编。马仲英自己去了北平。据说曾受到蒋介石的接见，蒋还试图推荐他去中央军校学习。此间他还加入了中国社会主义青年团，并以作战参谋的身份参加中原大战。

　　马仲英的部队被马鸿奎收编后，马仲英远走北平一年即返回宁夏，旋即携旧部再叛，1930年冬天突然攻取张掖，然后收编部队，自称“甘宁青联军总司令”开始扩充实力。马仲英盘踞肃州（今酒泉）和甘州（今张掖）引起青海陆军新编第九师师长马步芳的嫉妒，马步芳遂于1931年夏天进攻马仲英，马仲英主力远在肃州，救援不及而丢失张掖。马步芳乘胜开始进攻酒泉，恰在此时，马仲英在肃州见到了哈密特使尧乐博斯，尧乐博斯劝说马仲英进军新疆。马仲英正被马步芳打得很狼狈，于是一拍即合，领兵入疆。

　　征战新疆

　　931年的新疆处于战乱之中，杨增新遇刺后上台的金树仁难以威抚新疆，新疆各地反金力量不断起事，反金力量的主力是哈密农民起义军，这支武装的头目是参加过早年铁木耳起义的和加尼牙孜，哈密王和担任哈密警备旅长的尧乐博斯暗中支持他，哈密王为了取得内地中央政府的支持，暗中派遣尧乐博斯赴南京请愿，尧乐博斯在去南京的途中于酒泉见到马仲英，两人相谈很是投机。马仲英和尧乐博斯商议后决定一起入新，共同推翻金树仁的政权。

　　931年初夏，马仲英诈称“奉命出关”、“兴师援哈”，扬言在“三个月内打败金树仁”。5月19日在肃州整装出发，当时号称3个纵队，每个纵队各有司令1人。实际上战斗人员仅有400多人，枪支仅90余支，连同家属、勤杂人员也不过500多人。马仲英计划在15天内赶到哈密，但是到达星星峡附近时，粮草耗尽，马仲英临时决定夜袭星星峡，缴获了部分枪械和粮草。然后兵分两路，一路奔沁城，一路沿大路直去哈密东郊的黄芦岗。

　　黄芦岗是哈密城防重地，大批金树仁军队在此驻扎，派鲁效祖为东路剿匪总司令，盛世才为参谋长率1500人解哈密之围。1931年7月3日马仲英指挥200人的骑兵部队突然发起进攻，黄芦岗守军不知虚实随即溃退哈密，马仲英进而包围了哈密汉城新旧两城。马仲英也在战斗中受伤。金树仁调集6500人的省军防卫新疆首府迪化。

　　哈密有三城，回城在南，汉城在北，汉城又有新老城之分，老城在新城和回城之间，文武官署均在此地，新城和老城之间防线很长。老城东南两门和新城北门毫无屏障。当时汉城驻军为朱瑞墀的一个师，部下有步、骑、炮、机枪等13个连。朱瑞墀镇守新城，熊发友守卫老城。

　　马仲英进驻黄芦岗后，与加尼牙孜部的配合，马仲英的参谋长吴英琦率领先锋夜袭哈密，一举攻克回城，开始对汉城猛烈攻击。熊发友见势不好准备投降，被朱瑞墀阻止。朱瑞墀认为马部虽然骁勇善战，但是没有重武器，必不利于攻城，果然在金军严密防守下，哈密未破。

　　马仲英的第36师师部驻扎酒泉酒肃州镇守使官署，下设军需、军法、政训、参谋、军械、军医、秘书、副官八处。并设立直属教导连，由马仲英的弟弟马仲杰任连长，专门培训优秀青年，准备培养为部队的军官。又设专门的被服厂、军械修理厂等后勤单位，俨然从“匪”转变为一支正规部队。但是其部队仍然沿用旧习，全部用绰号作为番号，如“牛肉团”、“歪嘴团”、“黑鹰团”、“是非团”、“枣骝团”、“鸭子营”、“黑汉旅”等，其骑兵以马的毛色编队，如“黑马队”、“白马队”、“花马队”、“枣骝队”等，依然一副流寇作风。后来经过马仲英大力整顿，强征当地农民子弟入伍，得众3000，编为2个旅，由马仲杰（马仲英的弟弟）和马虎山（马仲英的姐夫）分别担任旅长。从此军容整齐、指挥统一。

　　932年，金树仁任用盛世才进剿和加尼牙孜的哈密军。和加尼牙孜再次请马仲英入疆。马派手下马世明、马全禄率部进入新疆，分别攻占吐鲁番和袭击迪化。

　　933年1月，天寒地冻，马仲英亲率主力3000人由酒泉出发，第二次进入新疆。在他出发之前先期抵达的马世明和马全禄已经和和加尼牙孜一起，将战火燃遍整个东疆，其中马全禄部在1932年末进抵迪化附近的南山。当时盛世才正督率省军在鄯善和吐鲁番一带和马世明、和加尼牙孜缠斗，因而迪化兵力空虚，城内一片恐慌。金树仁慌忙成立警备司令部，自己亲自披挂上阵任司令，又成立城防指挥部统一指挥，“保卫迪化”。1932年12月，省军一团在芨芨糟子堵截马全禄，1933年1月25日，正是马仲英经星星峡向哈密进军的时候，马全禄指挥精锐骑兵突袭省军，省军堵截部队大败，仅有百人生还。消息传到迪化，全城震动，1月29日，迪化关闭大部分城门，仅留东门一处进出。同时金树仁命商团荷枪实弹守卫城池，迪化所有店铺关门歇业，邮政业务也随之停止，“风声鹤唳，一夕数惊”。迪化城内仅有省军700余和归化军（流窜新疆被收编的白俄）300多人，为了增加兵员，省府办公人员停止办公，科长以下每人佩带标示携大刀轮流守城。同时宣布全城实行宵禁，开始了长达46天的战争状态。时刚从德国留