。蔡先生说：“我对于各家学说，依各国大学通例，循思想自由原则，兼容并包。无论何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚未达自然淘汰之命运，即使彼此相反，也听他们自由发展。”在兼容并包原则下，对于确有真才实学而学术观点、政治倾向不同的守旧学者，仍延为教授，展其所长，对他们一视同仁，绝不歧视。例如辜鸿铭，留学欧洲多年，辛亥革命后，仍留蓄长辫，表示效忠清室，但他精通英、法、德及希腊语文，于英国文学深有研究，仍请他讲授《英诗》。又如刘师培，曾参与反清革命，后变节为清探，又为袁世凯称帝效力，但刘于国学造诣极深，故仍聘他讲授《中国中古文学史》。

蔡先生还不拘一格选拔与培养人才，24岁的梁漱溟，中学毕业后自修哲学，蔡先生看到他所撰《究元决疑论》一文，认为是一家之言，即聘为北大讲师，讲授《印度哲学》。和梁同龄的毛泽东，刚毕业于湖南第一师范，到北京襄办留法勤工俭学，急需就业，蔡先生就通知图书馆主任李大钊，让他当上图书馆助理员，得以博览北大藏书，“迅速地朝着马克思主义的方向发展”。对于学术水平低下、教学态度恶劣的原有中、外教员，一律按约解聘。一个被辞退的法国教员向法庭控告，但有合同为凭，他的无理要求全遭驳斥。英国教员克德莱等被黜退后，鼓动英国驻华公使朱尔典亲自到校，要求续聘，也遭拒绝。

北大原是文、理、法、商、工五科并立，没有重点，蔡元培大胆改革北大学制。他根据教育部关于大学专设文、理两科，法、医、农、工、商等科分别成为独立的大学之新规定，对北大各科做了整顿，例如扩充文、理两科专业，工科并入北洋大学、商科并入法科等。

蔡元培认为：大学者，囊括大典网罗众家之学府也。他的“囊括大典”就是大学是包括各种学问的机关，无论何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之命运，即使彼此相反，也听他们自由发展。他的这种做法使新思想、新文化冲进北大，在与原来的旧思想、旧文化的较量中壮大，并得以传播。当时的北大成为一批激进的资产阶级民主派活动的舞台，成为新文化运动的中心，思想上各派并存，形成百家争鸣的局面，学术思想空前的繁荣，白话文与文言文、唯物主义与唯心主义等争论不停，在守旧派与革新派的论战中，蔡元培支持革新派，表现了他鲜明的立场。

1917年11月俄国十月革命的胜利，马克思列宁主义传入了中国，社会主义也成了当时世界一股强大的社会思潮，被聘为北大图书馆馆长的李大钊在中国最早接受和传播马克思主义。1920年3月，在蔡元培的支持下，北大又成立了马克思学说研究会，随后马克思主义在全国广泛传播。北大在中国革命的历史上产生了不可磨灭的影响，诚如后来曾担任北大校长的周培源所说：“这些均与蔡先生作校长分不开，要是没有蔡先生这样民主，对待革命事业、对待新思想这样竭尽全力支持的校长，那么北大也就不会有这么大的贡献。”著名的哲学家冯友兰说：“蔡先生是中国近代的大教育家，这是人们所公认的。我在大字上又加了一个最字，因为一直到现在我还没有看见第二个像蔡先生那样的大教育家。”

蔡元培先生主持北大期间，胡适称之为“北京大学的蔡元培时代”。正如吴玉章所说：“蔡先生被任为北京大学校长……罗致进步人士为北大教授，如我党出色人物李大钊同志及主张白话文、大倡文学革命的胡适等，起了新文化运动的革命作用。一时新思潮勃兴，学术思想为之大变，尤其是我半殖民地半封建的国家，受了十月革命的影响。社会主义的思潮，汹涌于一般人士，特别是青年脑筋中，使中国苦闷而没有出路的革命知识分子得到了新生命，获得了新武器，因而就有冲破旧桎梏而创造新文学、新文化的勇气，因而就有反帝反封建轰轰烈烈的五四运动。这就为中国历史开一新纪元。虽然这是时代所产生的必然的结果，而蔡先生领导之功，自不可没。”

“从明天起照常上课”

“五四”运动之前，尽管封建礼教已受到了很大冲击，但“男女授受不亲”、“男女七岁不同席”等旧传统仍根深蒂固。虽然有专为女子设立的高等学校如北京协和女大、南京金陵女大、福州华南女大、北京女高师府等，但是大学男女同校，接受平等教育的事还未曾有过。

蔡元培对这一现实极为不满。1919年3月15日，他在北京青年会作了《贫民院与贫儿教育关系》的讲演，认为：男女社交公开，尊重女权已是世界潮流，“我们国里还能严守从前男女的界限，逆这世界大潮流么？”此次讲演中他产生了试验大学男女同校的想法。

蔡元培在北大期间，学生运动开始萌芽。蔡元培本人并不支持学生运动，从一开始，他就对群众运动的负面作用有清醒的认识，对过度参与政治活动伤害学术研究和大学独立有清醒的认识。

当时的一名北大学生曹建对“五四”时蔡元培的言行有生动的回忆：学生被捕之后，大家聚集在三院礼堂里，束手无策。突然听见脚步声从外面传来，众人仰首张望，原来是蔡元培校长。一些学生害怕受到蔡元培的斥责，另一些学生则欢呼，有些甚至放声大哭。蔡元培从容走上讲台，怡言温词地对大家说：“你们今天所做的事