还对主要将领做了调整，其中第十协副协统兼十九标标统冯仑换到了二十标，而龙谦的连襟叶延冰则到十九标担任标统。第九协参谋长胡宗玉与第十协参谋长蓝心治也做了对调。

巡防营的整顿颇见成效，六月，龙谦在编组上对巡防营做了调整，随着第五镇部队退役制度建立，大批老兵在服役3~4年后退出现役。他们中的绝大多数进入了巡防营，提高了巡防营的实力。

而龙谦鉴于杨士骧的激烈反对，在权衡利弊后，从1905年春开始裁撤合并了巡防营一些训练不达标的营队。裁撤下来的人员仍算作预备役并领取每月两个银元的津贴，他们大部分被推荐进入规模不断扩大的华源和中兴实业，特别是沂州的钢铁企业和兖州的煤矿。整顿后的巡防军共计16个营，总兵力为9600人，比原先的人数裁减了一半。

此举得到了杨士骧的赞赏，他一直认为山东匪患已平，养两万巡防营太靡费银两了。

鉴于以营为单位的巡防军不能满足更大规模的调动和使用，龙谦下令成立了三个巡防团，其中一团团部驻泰安，二团团部驻平度，三团团部驻曹州，各辖4个巡防营。负责地方的治安剿匪等事务。三个团长都从第五镇选调最优秀的营长充任。

设于济南的山东巡防军总部直辖4个营，其中一个炮营，一个工兵营。其指挥机构也得到加强，除参谋作训机构外，后勤、军法监督等机构也成立了，基本参照了第五镇的机构设置。实际上，宁时俊领导的巡防军就是第五镇的预备师。

杨士骧清楚龙谦已经将巡防营变为了他第五镇的“影子”镇，但无可奈何。因立宪问题上再获慈禧欢心，任何对龙谦不利的话老太婆都听不进去。

7月，日俄战争尚未出来最后的结果，山东地界上枪炮隆隆，先后在东西两处举行了两场演习。西面，第五镇主力部队与整顿完毕的巡防营部队举行了一次有少量炮兵参加的团级规模的对抗演习。不出所料，参加演习的第五镇第十八标完胜巡防三团，表明巡防营部队在训练上距主力部队仍有不小的差距。东面，应德方邀请，第十九标在莱州与驻青岛德军举行了对抗演习，炮兵标两个营参加。德军参演兵力约3000人，拥有大炮十八门。这一次演习比起上一次的营级规模演习来，兵力、火力和对抗强度均大为加强。但结果却再次战成平手，冯仑的部队以一部钳制德军主力，以一个加强营乘夜迂回，捣毁了德军后方基地，切断了德军的后方供给线。但德军强有力的攻击也突破了冯仑的防御阵地，迫使第十九标退却。联合